GiaeverPheno(PCpheno)
GiaeverPheno()所属R语言包：PCpheno
List of fitness defect score generated from Giaever et al 2002
健身缺损评分名单从Giaever等2002
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Giaever et al (2002) create a collection of gene-deletion mutants to determine genes that contribute to a particular phenotype in specific environmental conditions. This list is generated from a fitness analysis under six different experimental conditions.
giaever等人（2002年）创建一个基因缺失突变体的收集，以确定有助于在特定的环境条件下的特定表型的基因。产生这个名单是从6个不同的实验条件下的健身分析。
用法----------Usage----------
data(GiaeverPheno)
data(GiaeverGene)
data(GiaeverExpCdt)
格式----------Format----------
GiaeverPheno is a list with 31 elements. The name of each element is a experimental condition (see details). The value of each element are the fitness defect scores for the genes sensitive to the experimental condition, as defined by Giaever et al (2002).
GiaeverPheno是一个有31个元素的列表。每个元素的名称是一个实验条件（见详情）。每个元素的值是健身的实验条件下，由Giaever等（2002）所界定的敏感基因缺损评分。
GiaeverGene Vector of the systematic gene names of the 5898 tested genes. Note that some updates have been made for the list to be consistent with Saccharomyces Genome Database.
GiaeverGene5898测试基因向量系统的基因名称。请注意，有些已更新列表与酵母基因组数据库的一致。
GiaeverExpCdt is a 3 columns dataframe with fileID from which the data were extracted, the generation time (growth time) and the condition (media).
GiaeverExpCdt用的fileid 3列dataframe从中提取数据，生成时间（生长时间）和条件（媒体）。
gen. generations
根。代
rep. replicate
代表。复制
ypg5a,ypg5b yeast/peptone/galactose 5 gen. rep. a and b ==> carbone source
ypg5a，ypg5b酵母/蛋白胨/半乳糖5根。代表。 A和B ==> Carbone的源
ypg15a ypg15b yeast/peptone/galactose 15 gen. rep. a and b ==> carbone source
ypg15a ypg15b酵母/蛋白胨/半乳糖15根。代表。 A和B ==> Carbone的源
sorbitol5a sorbitol5b 1.5M Sorbitol 5 gen. rep. a and b ==> sugar, osmotic stress
sorbitol5a sorbitol5b 1.5M山梨醇5根。代表。 A和B ==>糖，渗透胁迫
sorbitol20a sorbitol15b 1.5M Sorbitol 20 and 15 gen. rep. a and b respectively==> sugar, osmotic stress
sorbitol20a sorbitol15b 1.5M山梨醇20和15根。代表。 A及B ==>糖，渗透胁迫
NaCl5a NaCl5b 1M NaCl 5 gen. rep. a and b ==> salt, osmotic stress
NaCl5a NaCl5b 1M氯化钠5根。代表。 A和B ==>盐，渗透胁迫
NaCl15a NaCl15b 1M NaCl 15 gen. rep. a and b ==> salt, osmotic stress
NaCl15a NaCl15b 1M氯化钠15根。代表。 A和B ==>盐，渗透胁迫
lysM5a lysM5b lysine minus 5 gen. rep. a and b ==> lack of required AA
lysM5a lysM5b赖氨酸零下5根。代表。 A和B ==>缺乏所需的氨基酸
thM5a threonine minus 5 gen. rep. a ==> lack of required AA
thM5a苏氨酸零下5根。代表。 A ==>缺乏所需的氨基酸
trpM5a trpM5b tritophanee minus 5 gen. rep. a ==> lack of required AA
trpM5a trpM5b tritophanee零下5根。代表。 A ==>缺乏所需的氨基酸
minimalPlus5a minimalPlus5b minimal + histidine/leuvine/uracile 5 gen. rep. a and b
minimalPlus5a minimalPlus5b最小+组氨酸/ leuvine / uracile 5根。代表。 A和B
minimalPlus15a minimalPlus15b minimal + histidine/leuvine/uracile 15 gen. rep. a and b
minimalPlus15a minimalPlus15b最小+组氨酸/ leuvine / uracile 15根。代表。 A和B
minimalC5a minimalC5b minimal complete 5 gen. rep. a and b
minimalC5a minimalC5b最小的完整的5根。代表。 A和B
nystatin5a nystatin5b Nystatin 5 gen. rep. a and b ==> antifungal drug
nystatin5a nystatin5b制霉菌素5根。代表。 A和B ==>抗真菌药物
nystatin15a nystatin15b Nystatin 5 gen. rep. a and b ==> antifungal drug
nystatin15a nystatin15b制霉菌素5根。代表。 A和B ==>抗真菌药物
pH8g5a pH8g5b pH 8 5 gen. rep. a and b ==> alkali stress
pH8g5a pH8g5b pH值8 5根。代表。 A和B ==>盐碱胁迫
pH8g15a pH8g20b pH 8 15 and 20 gen. rep. a and b respectively ==> alkali stress
pH8g15a pH8g20b pH值8月15日和20根。代表。 A和B分别==>盐碱胁迫
Note: in their study they confound the 15 and 20 generations.
注：在他们的研究中，他们混淆15和20代。
Giaeverresult is a data.frame that summaryzes the number of sensitive genes per condition, how many of those genes are present in the ScISI interactome and the associated p-value. This is the result of applying a Hypergeometric test (see CoHyperGParams-class for more details) and the complexStatus function.
Giaeverresult是数据框，summaryzes每条件的敏感基因，这些基因中，有多少是在ScISI相互作用组和相关的p值目前。这是应用超几何试验（见CoHyperGParams-class更多详情）complexStatus函数的结果。
作者（S）----------Author(s)----------
N. LeMeur
源----------Source----------
Giaever et al (2002), supplementary information: http://genomics.lbl.gov/YeastFitnessData/websitefiles/cel_index.html Saccharomyces Genome Database (last update 03/17/06): http://www.yeastgenome.org/
等giaever，补充资料（2002年）：http://genomics.lbl.gov/YeastFitnessData/websitefiles/cel_index.html酵母基因组数据库（最后更新06年3月17日）：http://www.yeastgenome.org/~~V
参考文献----------References----------
genome. Nature. 418(6896):387-91. PMID: 12140549
举例----------Examples----------
data(GiaeverPheno)
data(GiaeverExpCdt)
data(GiaeverGene)
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发表于 2012-2-26 10:56:45
