R语言 PCpheno包 complexStatus()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

complexStatus(PCpheno)
complexStatus()所属R语言包：PCpheno

                                        Complex Status
                                         复杂的状态

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Categorize the complex whether or not a complex is composed of a significant number of genes involved in a particular
分类是否或不是一个复杂的是在一个特定的基因显着参与人数组成的复杂


用法----------Usage----------


complexStatus(data, phenotype, interactome, threshold=0.05)



参数----------Arguments----------

参数：data
Output from CoHyperG test
从CoHyperG输出测试


参数：phenotype
List of gene names inducing an observed phenotype, e.g., list of essential gene names (see package SLGI)
基因诱导观察到的表型，如必需的基因名称列表的名称列表（见SLGI包）


参数：interactome
A binary matrix composed of genes (rows) and biological complexes (columns) (see package ScISI)
基因（行）和生物复合物（列）组成的一个二进制矩阵（见ScISI包）


参数：threshold
pvalue threshold (default 0.05)
pvalue阈值（默认0.05）


Details

详情----------Details----------

We form four distinct categories from A to D to characterize how a complex might be involved in a particular phenotype (according to the number of genes it contains and that are involved in a particular phenotype - see also hyperGTest function)
我们形成从A至D不同的类别来描述一个复杂的，可能会在某个特定的表型如何参与（根据它包含的基因数量和参与，在一个特定的表型 - 见也hyperGTest功能）


值----------Value----------

The returned value is a list with components:
返回值是一个组件的列表：


参数：A
"interesting" complexes, complexes with a significant number of interesting genes, i.e., genes that participate to a particular phenotype (at a given p-values threshold)
“有趣”的配合，一个有趣的基因相当数量的复合物，即参与到一个特定的表型的基因（在一个给定的P-值的阈值）


参数：B
complexes with a NON significant number of interesting genes BUT that  SHARE genes with complexes from the A status
有趣的基因，但该股份基因与非相当数量的配合物复合物的状态


参数：C
complexes with a NON significant number of interesting genes AND that DON'T SHARE interesting genes with complexes from cat A
有趣的基因与非相当数量的复合物和不要与猫复合物有趣的基因


参数：D
complexes WITHOUT interesting genes, i.e. the one involved in the studied phenotype
没有有意思基因的复合物，即参与研究型


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



举例----------Examples----------


data(ScISI)
data(essglist)
essential <- names(essglist)

CoparamsESS <- new("CoHyperGParams",
                   geneIds=essential,
                   universeGeneIds=rownames(ScISI),
                   annotation="org.Sc.sgd.db",
                   categoryName="ScISI",
                   pvalueCutoff=0.01,
                   testDirection="over")

sign<- hyperGTest(CoparamsESS)
test05 <-complexStatus(data=sign, phenotype=essential,
interactome=ScISI, threshold=0.05)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。