categoryToEntrezBuilder(PCpheno)
categoryToEntrezBuilder()所属R语言包:PCpheno
Return a list mapping multi-protein complexes IDs to YEAST ids
返回列表映射的多蛋白复合物的ID酵母IDS
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Return a list mapping multi-protein complexes (category) IDs to the YEAST ids annotated at the category id.
返回列表映射多蛋白复合物(类)的ID的酵母的ID注明类别ID。
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'CoHyperGParams'
categoryToEntrezBuilder(p)
参数----------Arguments----------
参数:p
A subclass of HyperGParams-class
一个的HyperGParams-class子类
Details
详情----------Details----------
End users should not call this directly. This method gets called from hyperGTest. To add support for a new category, a new method for this generic must be defined. Its signature should match a subclass of HyperGParams-class appropriate for the new category.
最终用户不应该直接调用此。这种方法被称为hyperGTest。要添加一个新的类别的支持,这种通用的新方法必须被定义。其签名匹配HyperGParams-class新类别的相应的子类。
值----------Value----------
A list mapping category IDs to YEAST identifiers.
列表映射的类别ID酵母标识符。
作者(S)----------Author(s)----------
S. Falcon and N. LeMeur
参见----------See Also----------
hyperGTest CoHyperGParams-class
hyperGTestCoHyperGParams-class
举例----------Examples----------
data(ScISIC)
data(essglist)
essential <- names(essglist)
params <- new("CoHyperGParams",
geneIds=essential,
universeGeneIds=rownames(ScISIC),
annotation="org.Sc.sgd.db",
categoryName="ScISIC",
pvalueCutoff=0.01,
testDirection="over")
categoryToEntrezBuilder(params)[1:2]
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