buildFDMat(PCpheno)
buildFDMat()所属R语言包:PCpheno
Build fitness defect contingency matrix
建立健身缺陷的应变矩阵
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to build a fitness defect contingency matrix where rows correspond to tested genes and columns to experimental conditions.
函数来构建健身缺陷应变矩阵,行对应的测试实验条件下的基因和列。
用法----------Usage----------
buildFDMat(data,genenames,condition)
参数----------Arguments----------
参数:data
List of 'significant' fitness defect scores and the associated genes at different experimental conditions.
“重大”健身缺损评分和相关基因在不同的实验条件下的名单。
参数:condition
Character vector of the different experimental conditions tested
不同的实验条件下的特征向量测试
参数:genenames
Character vector of all the tested genes for fitness defect.
测试所有健身缺陷的基因特征向量。
值----------Value----------
Contingency matrix of genes that present significant fitness defect in different experimental conditions.
应变矩阵,提出在不同的实验条件下显着的健身缺陷的基因。
作者(S)----------Author(s)----------
N. LeMeur
举例----------Examples----------
data(GiaeverPheno)
data(GiaeverExpCdt)
data(GiaeverGene)
fitnessData <- getFDgene(GiaeverPheno,condition=GiaeverExpCdt,cutoff=c(20,100,100),mode="generation",subset=c(5,15,20))
GiaeverPhenoM <- buildFDMat(data=fitnessData,genenames=GiaeverGene,condition=GiaeverExpCdt[,3])
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