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CoverageBrain(PatientGeneSets)
CoverageBrain()所属R语言包：PatientGeneSets

                                        Data from Parsons et al. study: Total number of nucleotides "at risk"
                                         从帕森斯等人的数据。研究：核苷酸总数“风险”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Total numbers of nucleotides "at risk" that were  successfully sequenced in RefSeq genes in the Parsons et al.
核苷酸总数风险“已成功在帕森斯等人的RefSeq基因测序。


用法----------Usage----------


data(Parsons)



格式----------Format----------

Total number of nucleotides available for mutations  in the glioblastoma study from Parsons et al.,  broken down by gene, study phase (Discovery or Validation), and mutation type. For this study, there was only a Discovery stage. The nucleotides availables for indels are all the successfully sequenced nucletides in a gene. The nucleotides availables for other mutations are excluding nucleotides who can only give rise to synonymous mutations. It also includes the total number of samples analyzed in each phase for each gene.  
从Parsons等人的神经母单元瘤研究中的突变基因，研究阶段（发现或确认），突变类型划分核苷酸的总数。在这项研究中，只发现阶段。核苷酸为INDELS在获取的是所有成功的基因测序nucletides。其他基因突变的核苷酸可获取不包括只能同义突变引起的核苷酸。它还包括在每个阶段，每个基因分析样品总数。


作者（S）----------Author(s)----------



Simina M. Boca, Giovanni Parmigiani.




参考文献----------References----------

Carter H, Siu I, et al.  An Integrated Genomic Analysis of Human Glioblastoma Multiforme.  Science. DOI: 10.1126/science.1164382
Velculescu VE, Vogelstein B. Statistical methods for the analysis of cancer genome sequencing data.  http://www.bepress.com/jhubiostat/paper126/
Parmigiani G. Patient-oriented gene-set analysis for cancer mutation data. Submitted, 2010.

参见----------See Also----------

do.gene.set.analysis, sim.data.p.values, SimMethodsSims-class, EventsBySampleBrain, GeneSizes08, MutationsBrain
do.gene.set.analysis，sim.data.p.values，SimMethodsSims-class，EventsBySampleBrain，GeneSizes08，MutationsBrain

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