R语言 pathRender包 reduceES()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

reduceES(pathRender)
reduceES()所属R语言包：pathRender

                                        collapse the assay values in an ExpressionSet to a set of specified genes, using a statistic when multiple
                                         倍数一组指定的基因ExpressionSet检测值，当多个使用统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

collapse the assay values in an ExpressionSet to a set of specified genes, using a statistic when multiple
倍数一组指定的基因ExpressionSet检测值，当多个使用统计


用法----------Usage----------


reduceES(es, annovec, ann2featMap, pdvname="symbol", collapseFun=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：es
ExpressionSet instance
ExpressionSet实例


参数：annovec
genes to retain  
保留的基因


参数：ann2featMap
either an AnnDbBimap from AnnotationDbi (typically constructed with revmap(), or a named vector mapping from symbols to probe set IDs
要么是AnnDbBimap从AnnotationDbi（通常revmap（建），或从符号命名的向量映射探索集ID


参数：pdvname
featureData variable name to be used to hold the  annotations of variables kept   
featureData变量名用于保存变量的注释保存


参数：collapseFun
statistical function for collapsing data across probes mapping to the same gene  
统计功能倒塌跨映射探针的数据相同的基因


值----------Value----------

An ExpressionSet instance limited to genes in annovec, condensed if necessary using collapseFun to get one number per gene from multiple probes
一个ExpressionSet实例，限于基因annovec，凝聚如果有必要使用从多个探针每一个基因数目的collapseFun


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey <stvjc@channing.harvard.edu>



举例----------Examples----------


library(ALL)
data(ALL)
library(hgu95av2.db)
rr = revmap(hgu95av2SYMBOL)
exprs(reduceES(ALL[,1:3], c("DDR1", "CPNE1"), rr, "sym", mean))

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