data-Bakal2007(PAN)
data-Bakal2007()所属R语言包：PAN
Rich morphological phenotypes for gene overexpression and RNA interference screens
丰富的形态表型的基因过表达和RNA干扰屏幕
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The data set we use here comes from quantitative morphological screening for 249 gene-overexpression or RNAi knock-down experiments. For each individual cell, 145 different geometric features were computed by imaging analysis, and are subsequently scored with NNs trained to discriminate seven reference TCs with distinctive morphologies. For each TC, NN z-scores were computed from all scored cells in this TC (more details in Bakal 2007).
数据集在这里，我们使用从量变形态筛查249基因的过度表达或RNAi敲除实验。为每个单独的单元，145个不同的几何特征的图像分析计算，并随后打进NNS训练七参考TC的歧视具有鲜明的形貌。对于每个TC，神经网络的Z-分数计算在这个训练班的所有得分单元（2007年在Bakal更多细节）。
Bakal2007: a matrix of NN z-scores with rows and columns corresponding to 249 TCs and seven reference TCs.
Bakal2007：NN与相应的行和列249 TCS七参考TC的Z-分数的矩阵。
Bakal2007Cluster: unsupervised hierarchical clustering results by Bakal et al.
Bakal2007Cluster：无监督层次聚类结果由Bakal等。
nodeColor: colors scaled according to the clustering results by Bakal et al.
nodeColor：色彩调整根据由Bakal等聚类结果。
bm1: an object of BetaMixture, which includes data and results for beta-mixture modelling on the association densities based on first-order cosine similarities of the phenotyping screens.
bm1：BetaMixture，其中包括协会密度的β-混合模型的数据和结果的基础上第一阶余弦相似的表型屏幕的对象。
用法----------Usage----------
##see example for details
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
参考文献----------References----------
Quantitative morphological signatures define local signaling networks regulating cell morphology. Science, 316(5832), 1753.
举例----------Examples----------
data(Bakal2007)
dim(Bakal2007)
data(bm)
bm1
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发表于 2012-2-26 10:20:59
