buildPAN(PAN)
buildPAN()所属R语言包：PAN
Build an igraph or RedeR graph for PAN
建立一个泛的igraph或瑞德图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function builds a graph for the inferred PAN so that it can be visualize in igraph or RedeR
这个函数建立推断潘图，因此，它可以可视化igraph或RedeR
用法----------Usage----------
buildPAN(object, engine="igraph", para=list(nodeColor=NULL, nodeSize=NULL,
edgeWidth=NULL, edgeColor=NULL, nodeSumCols=1, nodeSumMethod="none",
hideNeg=TRUE), verbose=TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an object of S4 class PAN.
S4类PAN的对象。
参数：engine
a character value specifying which graphics engine to use: "igraph" or "RedeR".
一个字符值，指定使用的图形引擎：“IGRAPH”或“瑞德”。
参数：para
a list of parameters specifying graph attributes (see details)
一个指定的图形属性的参数列表（见详情）
参数：verbose
a logical value to switch on (if TRUE) or off if FALSE detailed run-time message.
一个逻辑值切换（如果TRUE）或关闭，如果FALSE详细的运行时的消息。
参数：...
all the other arguments accepted by the function pvclust.
功能pvclust接受的所有其他参数。
Details
详情----------Details----------
Here are the introductions for the detailed graph attributes that the user can specify:
这里有详细的图表，用户可以指定的属性介绍：
'nodeColor' and 'nodeSize' - a vector of node colors or sizes. Please note that the order of color or size must be concordant with the gene ids in the argument pheno of the object of BetaMixture.
“nodeColor和nodeSize” - 一个节点的颜色或大小的向量。请注意颜色或大小的顺序必须是一致的基因标识参数pheno对象BetaMixture。
'nodeSumCols' and 'nodeSumMethod' - these two arguments are used to scale the colors of nodes by phenotypes. The former argument is a numeric vector specifying the columns in slot pheno of the object of class BetaMixture; while the latter one is a character value giving the method to summarize these columns of phenotypes: either 'mean' or 'median'.
nodeSumCols“和”nodeSumMethod“ - 这两个参数用于扩展节点，表型的颜色。前一个参数是一个数值向量插槽中指定列pheno的对象类BetaMixture;而后者则是一个字符值的方法来总结这些列的表型：要么是什么意思“或“中位数”。
'edgeColor' and 'edgeWidth' - a vector of edge colors or width.
“edgeColor和edgeWidth” - 一个边缘颜色或宽度的向量。
'pValCutoff' - the argument is only used when what='module' and for module searching based on pvclust. Only significant modules will be displayed.
“pValCutoff - 参数仅用于当what='module'”搜索模块pvclust。唯一的重大的模块将被显示。
'minSize' and 'maxSize' - two arguments controlling the size of modules which will be used to filtered out modules that are too small or too large.
“MINSIZE和MAXSIZE - 两个参数控制将用于过滤掉过小或过大的模块，模块的大小。
'hideNeg' - a logical value specifying whether or not to hide edges with negative associations
“hideNeg” - 一个逻辑值，指定是否隐藏负面联想的边缘
值----------Value----------
This function will return an object of class PAN with inferred gene modules (modules$clusters) and corresponding p-values (modules$pval) updated in slot 'modules'.
这个函数将返回一个对象类PAN推断基因模块（modules$clusters）和相应的P-值（modules$pval）更新插槽的模块“。
作者（S）----------Author(s)----------
Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>
参考文献----------References----------
and Florian Markowetz, Posterior association networks and enriched functional gene modules inferred from rich phenotypic perturbation screens, in preparation.
uncertainty in hierarchical clustering. Bioinformatics, 22(12):1540, 2006.
举例----------Examples----------
data(bm, package="PAN")
pan<-new("PAN", bm1=bm1)
pan<-infer(pan, para=list(type="SNR", log=TRUE, sign=TRUE, cutoff=log(5)),
filter=FALSE, verbose=TRUE)
data(Bakal2007Cluster, package="PAN")
pan<-buildPAN(pan, engine="igraph", para=list(nodeColor=nodeColor,
hideNeg=TRUE), verbose=TRUE)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 10:20:47
