R语言 PAnnBuilder包 subcellBuilder_DB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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subcellBuilder_DB(PAnnBuilder)
subcellBuilder_DB()所属R语言包：PAnnBuilder

                                        Build Data Package for Protein Subcellular Location
                                         建立蛋白质亚单元定位数据包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given the URL to subcellular location database, this function creates a  SQLite-based annotation data package.   
鉴于亚单元定位数据库的URL，这个函数创建一个SQLite为基础的数据包注释。


用法----------Usage----------


subcellBuilder_DB(src=c("BaCelLo", "DBSubLoc"),
              prefix, pkgPath, version, author)



参数----------Arguments----------

参数：src
a character string that can be "BaCelLo" or "DBSubLoc" to  indicate which protein subcellular location database will be used.  
一个字符串，可以是“BaCelLo”或的“DBSubLoc”的指示将用于蛋白亚单元定位数据库。


参数：prefix
the prefix of the name of the data package to be built. (e.g.  "hsaSP"). The name of builded package is prefix+".db".  
兴建的数据包名称的前缀。 （例如“hsaSP”）。建造包的名称为前缀+“DB”。


参数：pkgPath
a character string for the full path of an existing directory where the built backage will be stored.   
为建backage将存储现有目录的完整路径的字符串。


参数：version
a character string for the version number.
一个版本号的字符串。


参数：author
a list with named elements "authors" containing a character vector of author names and "maintainer" containing the complete character string for the maintainer field, for example, "Jane Doe <jdoe@doe.com>".
与元素命名为“作者”包含作者姓名的特征向量和“维护者”，含有完整的字符串维护者领域，例如，“Jane Doe的<jdoe@doe.com>”的名单。


Details

详情----------Details----------

Build annotation data packages for protein subcellular location. Supported  databases are: "BaCelLo": http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello ; "DBSubLoc": http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/dbsubloc.html ;
建立注解蛋白质的亚单元定位的数据包。支持的数据库有：“BaCelLo”：http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello“DBSubLoc”：http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/dbsubloc.html;

subcellBuilder_DB employes functions  writeBACELLOData_DB and writeDBSUBLOCData_DB, to   parse and write data.
subcellBuilder_DB聘用过的员工职能writeBACELLOData_DB和writeDBSUBLOCData_DB，解析和写入数据。

Data files in the database will be automatically downloaded to the tmp directory, so enough space is needed for the data files. After downloading, files are parsed by perl, so perl must be installed.  It may  take a long time to parse database and build R package. Alternatively, we have  produced diverse R packages by PAnnBuilder, and you can download appropriate  package via  http://www.biosino.org/PAnnBuilder .
数据库中的数据文件将被自动下载到tmp目录，以便有足够的空间所需的数据文件。下载后，文件是由Perl解析，所以必须安装perl的。这可能需要很长的时间解析数据库和建立R包。另外，我们由PAnnBuilder生产多样化的R包，你可以通过http://www.biosino.org/PAnnBuilder下载相应的包。


值----------Value----------

This function does not return any value.
此函数不返回任何值。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


# Set path, version and author for the package.[设置包的路径，版本和作者。]
pkgPath <- tempdir()                                       
version <- "1.0.0"                                    
author <- list()                                       
author[["authors"]] <- "Hong Li"                       
author[["maintainer"]] <- "Hong Li <sysptm@com.cn>"

## It may take a long time to parse database and build R package.[＃这可能需要很长一段时间解析数据库和建立R包。]
if(interactive()){
    # Build annotation data packages "sc.bacello.db" for BaCelLo database.[建立注释数据包BaCelLo数据库“sc.bacello.db”。]
    subcellBuilder_DB(src="BaCelLo",
                   prefix = "sc.bacello", pkgPath, version, author)
   
    # Build annotation data packages "sc.dbsubloc.db" for DBSubLoc database.[建立注释数据包DBSubLoc数据库“sc.dbsubloc.db”。]
    subcellBuilder_DB(src="DBSubLoc",
                   prefix = "sc.dbsubloc", pkgPath, version, author)
}

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