R语言 PAnnBuilder包 pBaseBuilder_DB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pBaseBuilder_DB(PAnnBuilder)
pBaseBuilder_DB()所属R语言包：PAnnBuilder

                                        Build Data Packages for Primary Protein Database
                                         建立基层蛋白质数据库中的数据包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given the URL to SwissProt, TREMBL, IPI or NCBI RefSeq protein data, this function creates a SQLite-based annotation data package.
考虑到SwissProt数据库的URL，TrEMBL这，IPI或NCBI的RefSeq蛋白质数据，这个函数创建一个SQLite为基础的数据包注释。


用法----------Usage----------


pBaseBuilder_DB(baseMapType = c("sp","trembl","ipi","refseq"), organism,
               prefix, pkgPath, version, author)



参数----------Arguments----------

参数：baseMapType
a character string that can be either "sp", "trembl", "ipi" or "refseq" to indicate which protein database will be used.
一个字符串，可以是“SP”，“TrEMBL这”，“IPI”或“的RefSeq”，表示将用于蛋白质数据库。


参数：organism
a character string for the name of the organism of concern. (eg: "Homo sapiens")
为关注的有机体的名称的字符串。 （例如：“智人”）


参数：prefix
the prefix of the name of the data package to be built. (e.g.  "hsaSP"). The name of builded package is prefix+".db".  
兴建的数据包名称的前缀。 （例如“hsaSP”）。建造包的名称为前缀+“DB”。


参数：pkgPath
a character string for the full path of an existing directory where the built backage will be stored.  
为建backage将存储现有目录的完整路径的字符串。


参数：version
a character string for the version number.
一个版本号的字符串。


参数：author
a list with named elements "authors" containing a character vector of author names and "maintainer" containing the complete character string for the maintainer field, for example, "Jane Doe <jdoe@doe.com>".
与元素命名为“作者”包含作者姓名的特征向量和“维护者”，含有完整的字符串维护者领域，例如，“Jane Doe的<jdoe@doe.com>”的名单。


Details

详情----------Details----------

Build annotation data packages for proteins in primary protein database, including SwissProt, TREMBL, IPI or NCBI RefSeq Database. Basic annotation  information will be integrated with protein entries, including protein    sequence, description, coding gene, structure, Gene Ontology, KEGG pathway,  Pfam doamin and so on.
建设中的主要蛋白质数据库的蛋白质注解的数据包，包括SwissProt数据库，TrEMBL这，IPI或NCBI的RefSeq数据库。将结合蛋白项目，包括蛋白质序列，描述，编码基因结构，基因本体论，KEGG通路，PFAM doamin等基本注释信息。

When baseMapType = "sp", protein data are from UniProtKB/Swiss-Prot.  (http://expasy.org/sprot/)
当baseMapType =“SP”，UniProtKB / SWISS-PROT蛋白质数据。 （http://expasy.org/sprot/）

When baseMapType = "trembl", protein data are from UniProtKB/TrEMBL. (http://expasy.org/sprot/)
当baseMapType =“TrEMBL这”，蛋白质UniProtKB / TrEMBL这数据。 （http://expasy.org/sprot/）

When baseMapType = "ipi", protein data are from International Protein Index  (IPI),and seven organisms are supported: Homo sapiens, Mus musculus, Rattus  norvegicus, Danio rerio, Bos taurus, Gallus gallus, Arabidopsis thaliana.  (http://http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html/)
当baseMapType =“IPI”，从国际蛋白指数（IPI），7个生物体的蛋白质数据支持：智人，小家鼠，褐家鼠，斑马鱼，牛，鸡内金，拟南芥。 （http://http://www.ebi.ac.uk/IPI/IPIhelp.html/）

When baseMapType = "refseq", protein data are from NCBI Reference Sequence,  and six organisms are supported: Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus,  Danio rerio, Bos taurus, Xenopus tropicalis.  (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/)
当baseMapType =“的RefSeq”蛋白质数据是从NCBI的参考序列，并支持6生物体：智人，小家鼠，褐家鼠，斑马鱼，牛，热带爪蟾。 （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/）

Data files in the database will be automatically downloaded to the tmp directory, so enough space is needed for the data files. After downloading, files are parsed by perl, so perl must be installed.  It may  take a long time to parse database and build R package. Alternatively, we have  produced diverse R packages by PAnnBuilder, and you can download appropriate  package via http://www.biosino.org/PAnnBuilder .
数据库中的数据文件将被自动下载到tmp目录，以便有足够的空间所需的数据文件。下载后，文件是由Perl解析，所以必须安装perl的。这可能需要很长的时间解析数据库和建立R包。另外，我们由PAnnBuilder生产多样化的R包，你可以通过http://www.biosino.org/PAnnBuilder下载相应的包。


值----------Value----------

This function does not return any value.
此函数不返回任何值。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


# Set path, version and author for the package.[设置包的路径，版本和作者。]
pkgPath <- tempdir()
version <- "1.0.0"
author <- list()
author[["authors"]] <- "Hong Li"
author[["maintainer"]] <- "Hong Li <sysptm@gmail.com>"

if(FALSE){
    # NOTE: THESE PACKAGES ARE NO LONGER AVAILABLE, YOU NEED TO GENERATE[注意：这些包不再可用，您需要生成]
    #       THEM FOLLOWING THE INSTRUCTIONS IN THE VIGNETTE[他们的小品文说明]

    # It may take a long time to parse database and build R package.[这可能需要很长的时间解析数据库和建立R包。]
    # Build annotation data packages "org.Hs.sp.db" for Homo sapiens[建立智人“的注释数据包”org.Hs.sp.db]
    # proteins in SwissProt.[蛋白质在SwissProt数据库。]
    pBaseBuilder_DB(baseMapType = "sp", organism = "Homo sapiens",  
                    prefix = "org.Hs.sp", pkgPath = pkgPath, version = version,
                    author = author)                 
   
    # Build annotation data packages "org.Mm.ipi.db" for Mus musculus[建立家鼠注释数据包“org.Mm.ipi.db”]
    # proteins in IPI.[蛋白质在工业生产指数。]
    pBaseBuilder_DB(baseMapType = "ipi", organism = "Mus musculus",  
                    prefix = "org.Mm.ipi", pkgPath = pkgPath, version = version,
                    author = author)
                           
    # Build annotation data packages "org.Rn.ref.db" for Rattus norvegicus[建立注释数据包为褐家鼠“org.Rn.ref.db”]
    # proteins in NCBI RefSeq.[NCBI的蛋白质的RefSeq。]
    pBaseBuilder_DB(baseMapType = "refseq", organism = "Rattus norvegicus",
                    prefix = "org.Rn.ref", pkgPath = pkgPath, version = version,
                    author = author)
}

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