GOABuilder_DB(PAnnBuilder)
GOABuilder_DB()所属R语言包：PAnnBuilder
Build Data Packages for Proteomics Gene Ontology
建立蛋白质组学基因本体论的数据包
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given the name of organism, this function creates a data package mapping proteins of UniProt to their Gene Ontolgy.
鉴于生物体的名称，该函数创建一个数据包映射蛋白质的UniProt基因Ontolgy。
用法----------Usage----------
GOABuilder_DB(organism = "Homo sapiens",
prefix, pkgPath, version, author)
参数----------Arguments----------
参数：organism
a character string for the name of the organism of concern. (eg: "Homo sapiens")
为关注的有机体的名称的字符串。 （例如：“智人”）
参数：prefix
the prefix of the name of the data package to be built. (e.g. "hsaSP"). The name of builded package is prefix+".db".
兴建的数据包名称的前缀。 （例如“hsaSP”）。建造包的名称为前缀+“DB”。
参数：pkgPath
a character string for the full path of an existing directory where the built backage will be stored.
为建backage将存储现有目录的完整路径的字符串。
参数：version
a character string for the version number.
一个版本号的字符串。
参数：author
a list with named elements "authors" containing a character vector of author names and "maintainer" containing the complete character string for the maintainer field, for example, "Jane Doe <jdoe@doe.com>".
与元素命名为“作者”包含作者姓名的特征向量和“维护者”，含有完整的字符串维护者领域，例如，“Jane Doe的<jdoe@doe.com>”的名单。
Details
详情----------Details----------
Build gene ontology annotation data packages for proteins in Uniprot. GOABuilder_DB employes functions writeGOAData_DB to parse and write data.
建立Uniprot蛋白质的基因本体论注释的数据包。 GOABuilder_DB聘用过的员工职能writeGOAData_DB解析和写入数据。
Data files in the database will be automatically downloaded to the tmp directory, so enough space is needed for the data files. After downloading, files are parsed by perl, so perl must be installed. It may take a long time to parse database and build R package. Alternatively, we have produced diverse R packages by PAnnBuilder, and you can download appropriate package via http://biosino.org/ .
数据库中的数据文件将被自动下载到tmp目录，以便有足够的空间所需的数据文件。下载后，文件是由Perl解析，所以必须安装perl的。这可能需要很长的时间解析数据库和建立R包。另外，我们由PAnnBuilder生产多样化的R包，你可以下载相应的包通过http://biosino.org/~~V。
值----------Value----------
This function does not return any value.
此函数不返回任何值。
作者（S）----------Author(s)----------
Hong Li
举例----------Examples----------
# Set path, version and author for the package.[设置包的路径，版本和作者。]
pkgPath <- tempdir()
version <- "1.0.0"
author <- list()
author[["authors"]] <- "Hong Li"
author[["maintainer"]] <- "Hong Li <sysptm@gmail.com>"
## It may take a long time to parse database and build R package.[＃这可能需要很长一段时间解析数据库和建立R包。]
# Build annotation data packages "org.Hs.goa" for Homo sapiens proteomics gene [为智人智人蛋白质组学研究基因的建立注释数据包“org.Hs.goa”]
# ontology. [本体。]
if(interactive()){
GOABuilder_DB(organism="Homo sapiens",
prefix="org.Hs.goa", pkgPath, version, author)
}
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发表于 2012-2-26 10:18:28
