R语言 OTUbase包 clusterSamples()函数中文帮助文档(中英文对照)

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clusterSamples(OTUbase)
clusterSamples()所属R语言包：OTUbase

                                        clusterSamples
                                         clusterSamples

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a wrapper for the vegan function vegedist and hclust. It allows the user to cluster samples using a number of different distance measure and clustering methods. Please see the documentation for vegedist and hclust for a more indepth explanation.
此功能是为素食的的功能vegedist和hclust的包装。它允许用户使用不同的距离度量和聚类方法聚类样本。请看到文件vegedist和更深入的解释hclust。


用法----------Usage----------


    clusterSamples(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An OTUset or a TAXset object
OTUset或TAXset对象


参数：...
Additional arguments. These will depend on if the object is an OTUset or a TAXset object.
额外的参数。这将取决于如果对象是一个OTUset或TAXset对象。


Details

详情----------Details----------

These are other arguments passed to clusterSamples. For further information on specific arguments, please see abundance, vegdist, or hclust.
这些是传递clusterSamples的其他参数。具体参数的进一步信息，请看到abundance，vegdist或hclust。

taxCol Column of the tax slot dataframe on which to cluster (unique to TAXset objects). Passed to the abundance function.
taxColtax插槽dataframe聚类（唯一TAXset对象）的列。传给abundance的功能。

assignmentCol Column of the assignmentData dataframe used to classify sequences for clustering. This overrides the default of using the OTUs to cluster samples. This is passed to the abundance function.
assignmentDatadataframe assignmentCol柱用于分类的聚类序列。这将覆盖默认聚类样本使用个OTUs。这是传递给abundance功能。

collab Specifies a column of the sampleData dataframe that will provide the sample lables for the cluster analysis. This is passed to the abundance function.
collab指定一列sampleDatadataframe聚类分析，将提供的样品标贴。这是传递给abundance功能。

distmethod The distance method to be used. This value is passed to the vegedist function. The default is the Bray-Curtis distance.
distmethod的距离的方法可以使用。这个值被传递给vegedist功能。默认是的布雷柯蒂斯距离。

clustermethod The clustering method to be used. This value is passed to the hclust function. The default is complete clustering.
clustermethod的聚类方法被使用。这个值被传递给hclust功能。默认是complete聚类。


举例----------Examples----------



## locate directory with data[＃定位数据目录]
dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase")

## read in data into OTUset object[＃读取数据OTUset对象]
soginOTU <- readOTUset(dirPath=dirPath, level="0.03", samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", otufile="sogin.unique.filter.fn.list", sampleADF="sample_metadata.txt")

## cluster samples[＃聚类样品的]
clusterSamples(soginOTU, collab="Site", distmethod="jaccard")


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