R语言 OTUbase包 .OTUset-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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.OTUset-class(OTUbase)
.OTUset-class()所属R语言包：OTUbase

                                        "OTUset" class for OTU data
                                         “OTUset”类的OTU数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class provides a way to store and manipulate operational taxonomic unit data. ".OTUset" is inherited by "OTUsetQ", "OTUsetF", and "OTUsetB". The user will want to use "OTUsetQ" when quality data is available, "OTUsetF" when sequence data (without quality data) is available, and "OTUsetB" when only OTU and sample data are available.
这个类提供了一种操作分类单元中的数据存储和处理。继承由“OTUsetQ”“。OTUset”，“OTUsetF”，“OTUsetB”。用户将要使用“OTUsetQ”质量数据可用时，的“OTUsetF”序列数据时没有高质量的数据是可用的，和“OTUsetB”时，唯一的OTU和样本数据可用。


插槽----------Slots----------

OTUsetB includes Slots id, sampleID, otuID, sampleData, assignmentData.
OTUsetB包括角子机id，sampleID，otuID，sampleData，assignmentData。

OTUsetF includes Slots id sampleID, otuID, sampleData, assignmentData, sread.
OTUsetF包括角子机idsampleID，otuID，sampleData，assignmentData，sread。

OTUsetQ includes Slots id sampleID, otuID, sampleData, assignmentData, sread, quality.
OTUsetQ包括角子机idsampleID，otuID，sampleData，assignmentData，sread，quality。


方法----------Methods----------

Methods include:
方法包括：




id provides access to the id slot of object
ID提供访问的的object ID插槽




sampleID provides access to the sampleID slot of object
sampleIDobject sampleID插槽提供了访问




otuID provides access the otuID slot of object
otuID提供访问object otuID插槽




sampleData provides accesss the sampleData slot of object
的sampleData提供accesss的的object的sampleData插槽




assignmentData provides access the assignmentData slot of object
assignmentData提供访问的的object assignmentData插槽




sread provides access to the sread slot of object
SREADobject SREAD插槽提供了访问




quality provides access to the quality slot of object
质量提供访问的的object质量插槽




seqnames returns the first word of the id line. Intended to extract the sequence name from other sequence information.
seqnames返回的ID行的第一个字。旨在从其他序列信息的提取序列的名称。




nsamples returns the number of samples in an OTUset object
nsamples在OTUset对象返回的样本数量




notus returns the number of OTUs in an OTUset object
notus在OTUset对象返回的数个OTUs




show signature(object=".OTUset"): provides a brief summary of the object, including its class, number of sequences, number of samples, and number of OTUs.
显示signature(object=".OTUset")：提供简要的对象，包括其类，序列数，样本数，个OTU的数量。


举例----------Examples----------


showClass(".OTUset")
showMethods(class=".OTUset")
showClass("OTUsetQ")

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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