R语言 oneChannelGUI包 mRNAmiRCor()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

mRNAmiRCor(oneChannelGUI)
mRNAmiRCor()所属R语言包：oneChannelGUI

                                        Filtering by mean of correlation between expression data and miRNA expression changes
                                         表达数据和miRNA表达变化之间的平均相关过滤

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function extract the subset of gene ids which are associated to the changes of expression on putative miRNA targets upon  perturbation of miR expression.
这个函数提取米尔表达扰动后的假定的miRNA靶基因的表达变化相关的基因，这是IDS的子集。


用法----------Usage----------


mRNAmiRCor()



Details

详情----------Details----------

To run this analysis a time course experiment suitable for maSigPro analysis is needed. Expression data need to have at least 3 time points for samples transfected with a scrambled and with an Antagomir or a Mimic.  The expression changes at the same time points used for microarray data need to be measured also for miRNA.  miRNA expression data need to be saved as table delimited file with two columns: column Name,  which has to be organized exactly as the target file Name column,and a column named Value with expression of miRNA, e.g. deltaCt. Target file for mRNA data need to be organized as for maSigPro time course analysis. Output is a three column (gene level id, miRNA-mRNA correlation, mRNA untreated - mRNA treated correlation)  tab delimited file with gene IDs and correlation coefficient between mRNA profile and miRNA profile upon  treatment with antagomir, i.e. mRNA expression should rise due to the reduction of miRNA expression,  or mimics, i.e. mRNA expression should be reduced due to the over-expression of the specific miRNA.
若要运行此分析一个时间过程的实验适合maSigPro分析的需要。表达数据，需要有至少3个时间点转用炒与Antagomir或一个模仿的样本。用于芯片数据在同一时间点的表达变化的miRNA也需要测量。 miRNA表达数据必须为两列的表分隔的文件保存：列名，其中拥有完全组织的目标文件名“列，列名为miRNA表达的价值，如deltaCt。目标mRNA的数据文件需要组织maSigPro时间当然分析。输出是一个三栏（基因水平上的编号，miRNA的表达的相关性，表达未处理 - 基因治疗相关）基因ID和相关系数之间的mRNA的个人资料和miRNA的个人资料后，治疗与antagomir的选项卡分隔的文件，即mRNA的表达应该上涨因miRNA的表达，或模仿的减少，即mRNA的表达应减少由于特定miRNA的过表达。


作者（S）----------Author(s)----------


Raffaele A Calogero



参见----------See Also----------

IPAlistFilter, iqrFilter, intensityFilter
IPAlistFilter，iqrFilter，intensityFilter

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注：
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