R语言 oneChannelGUI包 miRNAbowtieRun()函数中文帮助文档(中英文对照)

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miRNAbowtieRun(oneChannelGUI)
miRNAbowtieRun()所属R语言包：oneChannelGUI

                                        Primary mapping of short reads with Bowtie/Picard for miRNA
                                         小学映射读取短的miRNA与领结/皮卡尔

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function for primary mapping of short reads with bowtie and the conversion of the SAM output into BAM format In the actual implementation it is possible to run bowtie using single-end fastq files produced using Illumina platform. The available reference sets are derived by miRbase precursors and are available for human, hs, mouse, mm, rat, rn, and bovine, bo. It is strongly suggested to run a trimming of the 3 and 5 end linkers before performing the mapping with bowtie. In the present implementation bowtie runs with the following parameters: -a –best -k 1 -q -v 3 -S. Therefore only the first best alignment is shown, imput files are in fastq format, alingement up to three mismatches are considered and the output is in SAM format. At the end of the mapping SAM files are converted in BAM files using picard tools.
短的主映射功能读取到BAM的格式在实际执行中很可能使用单端fastq文件利用Illumina平台运行领结，领结和SAM的输出转换。可用的参考集得到miRbase前兆和人力，HS，鼠标，毫米，大鼠，护士，和牛，博提供。强烈建议运行之前执行的映射与领结剪裁的3和5月底的连接器。在目前实施领结运行以下参数：-A-最好的-K-Q-V-S。因此，只有第一的最佳路线显示，攀枝花钢铁集团文件中fastq格式，alingement三个不匹配被认为是在SAM格式输出。 SAM文件，在映射转换中的BAM使用皮卡尔工具的文件。


用法----------Usage----------


miRNAbowtieRun()



作者（S）----------Author(s)----------


Raffaele A Calogero

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。