fdr.spatial2(OLIN)
fdr.spatial2()所属R语言包：OLIN
Assessment of the significance of spatial bias
评估空间偏见的意义
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function assesses the significance of spatial bias by a one-sided random permutation test. This is achieved by comparing the observed average values of logged fold-changes within a spot's spatial neighbourhood with an empirical distribution generated by random permutation. The significance of spatial bias is given
此功能评估空间偏见的一种片面的随机排列试验的意义。这是通过比较观察到的平均值记录倍的变化，产生随机置换的经验分布在一个点的空间邻里。空间偏见的意义
用法----------Usage----------
fdr.spatial2(object,delta=2,N=100,av="median",edgeNA=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：object
object of class marrayRaw or marrayNorm
对象类marrayRaw或marrayNorm
参数：delta
integer determining the size of spot neighbourhoods ((2*delta+1)x(2*delta+1)).
整数确定现货街区的大小（(2*delta+1)x(2*delta+1)）。
参数：N
number of random permutations performed for generation of empirical background distribution
数代的经验背景分布进行随机排列
参数：av
averaging of M within neighbourhood by mean or median (default)
平均M内邻里均值或中位数（默认）
参数：edgeNA
treatment of edges of array: For edgeNA=TRUE, the significance of a neighbourhood (defined by a sliding window) is set to NA, if the neighbourhood extends over the edges of the matrix.
阵列的边缘处理：edgeNA=TRUE，设置为NA个居委会（滑动窗口定义）的意义，如果邻里矩阵的边缘延伸。
Details
详情----------Details----------
The function fdr.spatial2.Rd is basically the same as fdr.spatial, but differs in its input and output formats. Details about the functionality can be found
功能fdr.spatial2.Rd基本上相同fdr.spatial，但在其输入和输出格式不同。关于功能的详细信息可以发现
值----------Value----------
Two list of vectors containing the false discovery rates for positive (FDRp) and negative (FDRn) deviations of median/mean of \code{M} of the spot's neighbourhood is produced. Each
两个列表向量为假阳性发现率（FDRp）和阴性（FDRn）median/mean of \code{M}点的附近产生偏差。每
注意----------Note----------
This function will be fused with fdr.spatial in future versions using S4-style methods.
此功能将融合fdr.spatial在未来的版本中使用S4风格的方法。
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias E. Futschik (<a href="http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik">http://itb.biologie.hu-berlin.de/~futschik</a>)
参见----------See Also----------
p.spatial, fdr.int, sigxy.plot,
p.spatial，fdr.int，sigxy.plot
举例----------Examples----------
# To run these examples, delete the comment signs before the commands.[要运行这些例子，删除命令之前的评论迹象。]
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# LOADING DATA[加载数据]
# data(sw)[数据（SW）]
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# CALCULATION OF SIGNIFICANCE OF SPOT NEIGHBOURHOODS[作者：现货，邻里意义的计算]
# For this illustration, N was chosen rather small. For "real" analysis, it should be larger.[对于这个例子，N的选择相当小。 “真实”的分析，它应该更大。]
# FDR <- fdr.spatial2(sw,delta=2,N=10,av="median",edgeNA=TRUE)[FDR< - fdr.spatial2（SW，δ= 2，N = 10，，AV =“中位数”，edgeNA = TRUE时）]
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# SIGNIFICANCE PLOTS OF ARRAY 1[阵列的意义图]
# sigxy.plot2(sw[,1],FDR$FDRp[[1]],FDR$FDRn[[1]],color.lim=c(-5,5),main="FDR")[sigxy.plot2（SW [1]，FDR$ FDRp [1]，FDRFDRn [1]，color.lim = C（-5,5），主要=“FDR”）]
# SIGNIFICANCE PLOTS OF ARRAY 3[3阵列的意义图]
# sigxy.plot2(sw[,3],FDR$FDRp[[3]],FDR$FDRn[[3]],color.lim=c(-5,5),main="FDR")[sigxy.plot2（SW [3]，FDR$ FDRp [3]，FDR美元FDRn [3]，color.lim = C（-5,5），主要=“FDR”）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 08:20:05
