R语言 oligo包 read.celfiles()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.celfiles(oligo)
read.celfiles()所属R语言包：oligo

                                        Parser to CEL files
                                         CEL文件解析器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads CEL files.
读取CEL文件。


用法----------Usage----------


read.celfiles(..., filenames, pkgname, phenoData, featureData,
experimentData, protocolData, notes, verbose=TRUE, sampleNames,
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE, checkType=TRUE)

read.celfiles2(channel1, channel2, pkgname, phenoData, featureData,
experimentData, protocolData, notes, verbose=TRUE, sampleNames,
rm.mask=FALSE, rm.outliers=FALSE, rm.extra=FALSE, checkType=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：...
names of files to be read.
要读取的文件名。


参数：filenames
a character vector with the CEL filenames.
character向量与CEL的文件名。


参数：channel1
a character vector with the CEL filenames for the first 'channel' on a Tiling application
character向量CEL的第一个“通道”上平铺的应用程序的文件名


参数：channel2
a character vector with the CEL filenames for the second 'channel' on a Tiling application
character向量与CEL控股为第二个“通道”上平铺的应用程序文件名


参数：pkgname
alternative data package to be loaded.
替代数据包被加载。


参数：phenoData
phenoData
phenoData


参数：featureData
featureData
featureData


参数：experimentData
experimentData
experimentData


参数：protocolData
protocolData
protocolData


参数：notes
notes
notes


参数：verbose
logical
logical


参数：sampleNames
character vector with sample names (usually better descriptors than the filenames)
character向量样品名称（文件名通常是更好的描述）


参数：rm.mask
logical. Read masked?
logical。阅读掩盖？


参数：rm.outliers
logical. Remove outliers?
logical。删除离群？


参数：rm.extra
logical. Remove extra?
logical。删除多余的吗？


参数：checkType
logical. Check type of each file? This can be time consuming.
logical。检查每个文件类型？这可能非常耗时。


Details

详情----------Details----------

When using 'affyio' to read in CEL files, the user can read compressed CEL files (CEL.gz). Additionally, 'affyio' is much faster than 'affxparser'.
当使用“affyio读取CEL文件，用户可以读取压缩CEL文件（CEL.gz）。此外，“affyio是速度远远比affxparser”。

The function guesses which annotation package to use from the header of the CEL file. The user can also provide the name of the annotaion package to be used (via the pkgname argument). If the annotation package cannot be loaded, the function returns an error. If the annotation package is not available from BioConductor, one can use the pdInfoBuilder package to build one.
CEL的文件头注释包使用的功能猜测。用户还可以提供用于的annotaion包的名称（通过pkgname参数）。如果不能加载注释包，函数返回一个错误。如果不从BioConductor注解包，可以使用pdInfoBuilder包建立一个。


值----------Value----------


参数：<code>ExpressionFeatureSet</code>
if Expresssion arrays
如果Expresssion阵列


参数：<code>ExonFeatureSet</code>
if Exon arrays
如果外显子阵列


参数：<code>SnpFeatureSet</code>
if SNP arrays
如果SNP芯片


参数：<code>TilingFeatureSet</code>
if Tiling arrays
如果平铺阵列


参见----------See Also----------

list.celfiles, read.xysfiles
list.celfiles，read.xysfiles


举例----------Examples----------


if(require(pd.mapping50k.xba240) &amp; require(hapmap100kxba)){
celPath <- system.file("celFiles", package="hapmap100kxba")
celFiles <- list.celfiles(celPath, full.name=TRUE)
affySnpFeatureSet <- read.celfiles(celFiles)
}

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