fitPLM(oligo)
fitPLM()所属R语言包：oligo
Fit a Probe Level Model to Affymetrix Genechip Data.
适合Affymetrix基因芯片数据的探针级模型。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function converts an FeatureSet into an PLMset by fitting a specified robust linear model to the probe level data.
此功能转换成FeatureSet探针级数据拟合指定的鲁棒线性模型PLMset。
用法----------Usage----------
fitPLM(object,model=PM ~ -1 + probes +samples,
variable.type=c(default="factor"),
constraint.type=c(default="contr.treatment"),
subset=NULL,
background=TRUE, normalize=TRUE, background.method="RMA.2",
normalize.method="quantile", background.param=list(),
normalize.param=list(), output.param=NULL,
model.param=NULL,
verbosity.level=0)
参数----------Arguments----------
参数：object
an FeatureSet object
FeatureSet对象
参数：model
A formula describing the model to fit. This is slightly different from the standard method of specifying formulae in R. Read the description below
公式描述的模式，以适应。这是稍有不同标准方法的指定河公式，阅读下面的说明
参数：variable.type
a way to specify whether variables in the model are factors or standard variables
模型中的一种方式来指定是否变量因素或标准变量
参数：constraint.type
should factor variables sum to zero or have first variable set to zero (endpoint constraint)
因子变量的总和为零或有第一个变量设置为零（端点约束）
参数：subset
a vector with the names of probesets to be used. If NULL then all probesets are used.
要使用的名称probesets向量。如果为NULL，然后所有probesets是使用。
参数：normalize
logical value. If TRUE normalize data using quantile normalization
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化的数据
参数：background
logical value. If TRUE background correct using RMA background correction
逻辑值。如果TRUE背景下正确使用RMA背景校正
参数：background.method
name of background method to use.
背景法的名称使用。
参数：normalize.method
name of normalization method to use.
归一化方法的名称使用。
参数：background.param
A list of parameters for background routines
一个背景例程的参数列表
参数：normalize.param
A list of parameters for normalization routines
一个标准化例程参数列表
参数：output.param
A list of parameters controlling optional output from the routine.
从常规的可选输出控制参数列表。
参数：model.param
A list of parameters controlling model procedure
过程控制模型的参数列表
参数：verbosity.level
An integer specifying how much to print out. Higher values indicate more verbose. A value of 0 will print nothing
一个整数，指定多少打印出来。值越高，表明更详细的。值0将打印什么
Details
详情----------Details----------
This function fits robust Probe Level linear Models to all the probesets in an FeatureSet. This is carried out on a probeset by probeset basis. The user has quite a lot of control over which model is used and what outputs are stored. For more details please read the vignette and the original documentation in the affyPLM package.
适合这个功能强大的探针水平线性模型中的所有FeatureSetprobesets。这是上probeset进行了probeset基础。用户有相当的控制模型和输出存储的很多。有关详细信息，请阅读的小品文和在affyPLM包的原始文件。
值----------Value----------
An PLMset
PLMset
注意----------Note----------
This is the initial port of fitPLM to oligo. Some features found on the original work by Ben Bolstad (in the affyPLM package) may not be yet available. If you found one of this missing characteristics, please contact Benilton Carvalho.
这是fitPLM的初始端口，以寡。对原来的工作中发现由本Bolstad（在affyPLM包）的某些功能可能无法尚未公布。如果你发现这个丢失的特点之一，请联系Benilton卡瓦略。
作者（S）----------Author(s)----------
This is a port from Ben Bolstad's work implemented in the
affyPLM package. Problems with the implementation in oligo should be
reported to Benilton Carvalho <Benilton.Carvalho@cancer.org.uk>
参考文献----------References----------
Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and Summarization. PhD Dissertation. University of California,
参见----------See Also----------
rma, summarize
rma，summarize
举例----------Examples----------
if (require(oligoData)){
data(nimbleExpressionFS)
fit <- fitPLM(nimbleExpressionFS)
image(fit)
NUSE(fit)
RLE(fit)
}
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 08:13:38
