R语言 oligoClasses包 FeatureSet-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FeatureSet-class(oligoClasses)
FeatureSet-class()所属R语言包：oligoClasses

                                        "FeatureSet" and "FeatureSet" Extensions
                                         “的FeatureSet”和“的FeatureSet”扩展

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Classes to store data from Expression/Exon/SNP/Tiling arrays at the feature level.
类来存储数据表达/外显子/ SNP /平铺在功能级别的阵列。


类的对象----------Objects from the Class----------

The FeatureSet class is VIRTUAL. Therefore users are not able to create instances of such class.
的FeatureSet类是虚拟的。因此，用户不能够创造出这样的类的实例。

Objects for FeatureSet-like classes can be created by calls of the form: new(CLASSNAME, assayData, manufacturer, platform, exprs,     phenoData, featureData, experimentData, annotation, ...). But the preferred way is using parsers like read.celfiles and read.xysfiles.
可以创建形式的检测：new(CLASSNAME, assayData, manufacturer, platform, exprs,     phenoData, featureData, experimentData, annotation, ...)的FeatureSet像类的对象。但是，首选的方法是使用像read.celfiles和read.xysfiles解析器。


插槽----------Slots----------




manufacturer: Object of class "character"  
manufacturer类"character"：对象




assayData: Object of class "AssayData"  
assayData类"AssayData"：对象




phenoData: Object of class "AnnotatedDataFrame"  
phenoData类"AnnotatedDataFrame"：对象




featureData: Object of class "AnnotatedDataFrame"  
featureData类"AnnotatedDataFrame"：对象




experimentData: Object of class "MIAME"  
experimentData类"MIAME"：对象




annotation: Object of class "character"  
annotation类"character"：对象




.__classVersion__: Object of class "Versions"  
.__classVersion__类"Versions"：对象


方法----------Methods----------




show signature(.Object = "FeatureSet"): show object contents
显示signature(.Object = "FeatureSet")：显示对象的内容“




bothStrands signature(.Object = "SnpFeatureSet"): checks if object contains data for both strands simultaneously (50K/250K Affymetrix SNP chips - in this case it returns TRUE); if object contains data for one strand at a time (SNP 5.0 and SNP 6.0
bothStrandssignature(.Object = "SnpFeatureSet")：检查对象包含数据，同时为两股（50K/250K Affymetrix公司的SNP芯片 - 在这种情况下，它返回TRUE）;如果对象包含一个链中的数据，在一段时间（SNP 5.0和6.0的SNP


作者（S）----------Author(s)----------


Benilton Carvalho



参见----------See Also----------

eSet, VersionedBiobase, Versioned
eSet，VersionedBiobase，Versioned


举例----------Examples----------


set.seed(1)
tmp <- 2^matrix(rnorm(100), ncol=4)
rownames(tmp) <- 1:25
colnames(tmp) <- paste("sample", 1:4, sep="")
efs <- new("ExpressionFeatureSet", exprs=tmp)

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