R语言 NuPoP包 NuPoP-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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NuPoP-package(NuPoP)
NuPoP-package()所属R语言包：NuPoP

                                         An R package for nucleosome positioning prediction
                                         核小体定位预测的R包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

NuPoP is an R package for Nucleosome Positioning Prediction. This package is built upon a duration hidden Markov model proposed in Xi et al 2010 and  Wang et al 2008. The core of the package was written in Fortran. Three functions  including predNuPoP, readNuPoP,  and plotNuPoP are provided for nucleosome positioning prediction, prediction results readin, and prediction results visualization respectively.  The input DNA sequence can be of any length.
NuPoP是NucleosomePositioningPrediction的的R包。这个包是建立在隐马尔可夫模型在西等2010年和2008年王等提出工期。 Fortran语言编写的软件包的核心。三大功能，包括predNuPoP，readNuPoP，plotNuPoP提供核小体定位预测，预测结果readin，预测结果的可视化。输入DNA序列可以是任意长度。


Details

详情----------Details----------

predNuPoP: R function invoking Fortran codes to predict nucleosome positioning, nucleosome occupancy and binding affinity.
predNuPoP：R函数调用的Fortran代码来预测定位核小体，核小体占用和亲和力。

readNuPoP: R function to read in the prediction results by predNuPoP.
readNuPoP：R函数读取predNuPoP预测结果。

plotNuPoP: R function to visualize predictions.
plotNuPoP：R函数可视化预测。


作者（S）----------Author(s)----------



Ji-Ping Wang, Liqun Xi

Maintainer: Ji-Ping Wang<jzwang@northwestern.edu>




参考文献----------References----------




举例----------Examples----------


library(NuPoP)
predNuPoP(system.file("extdata", "test.seq", package="NuPoP"),species=7,model=4)

## the prediction results are stored in the current working directory[＃的预测结果都存储在当前工作目录]
## the user should replace "system.file("extdata","test.seq_Prediction4.txt",package="NuPoP")"[＃用户应取代“。系统（”extdata“，”test.seq_Prediction4.txt“，包=的”NuPoP“）”]
## by the actual path and file name generated from prediction.[＃从预测产生的实际路径和文件名。]

temp=readNuPoP(system.file("extdata","test.seq_Prediction4.txt",package="NuPoP"),startPos=1,endPos=5000)
plotNuPoP(temp)

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