R语言 nudge包 norm1c()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

norm1c(nudge)
norm1c()所属R语言包：nudge

                                        Function for normalizing the mean of average-across-replicates log ratios
                                         平均全面复制log比率的平均值为正火功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is essentially the same as the lowess normalization suggested in the paper "Statistical methods for identifying differentially expressed genes in replicated cDNA microarrays" by Dudoit et al (2002), except the loess function and average-across-replicates log ratios are used and the recommended span is between 0.6 and 0.8. The normalization is done for each gene by subtracting from its average-across-replicates log ratio the loess estimated mean for average-across-replicates log ratio based on the loess regression of average-across-replicates log ratios on average-across-replicates log total intensities.
这实质上是相同的纸张由Dudoit等人（2002年）“确定在复制的基因芯片差异表达基因的统计方法”中提出的LOWESS标准化，除了黄土功能和平均跨重复使用log比推荐跨度为0.6和0.8之间。每个基因标准化减去其平均跨重复数比估计的黄土意味着平均全面复制log比基于局部加权回归平均全面复制log比率平均全面复制log总强度。


用法----------Usage----------


norm1c(logratio, logintensity, span = 0.6)



参数----------Arguments----------

参数：logratio
A multiple-column matrix of replicates of log (base 2) ratios of gene expressions in two samples.
一个多列的矩阵复制log（基数为2）两个样本中的基因表达的比率。


参数：logintensity
A multiple-column matrix of replicates of log (base 2) total intensities (defined as the product) of gene expressions in two samples.
一个多列的矩阵复制log（碱基）总强度在两个样本中的基因表达（定义为产品）。


参数：span
Proportion of data used to fit the loess regression of the average-across-replicates log ratios on the average-across-replicates log total intensities
适合局部加权回归用于数据的比例平均全面复制log比率平均全面复制log总强度


值----------Value----------

A vector of mean normalized average-across-replicates log ratios.
平均归平均全面复制log比率向量。


作者（S）----------Author(s)----------


N. Dean and A. E. Raftery



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

norm1d,norm1a,norm1b,norm2c,norm2d
norm1d，norm1a，norm1b，norm2c，norm2d


举例----------Examples----------


data(hiv)
lR<-log(hiv[,1:4],2)-log(hiv[,5:8],2)
lI<-log(hiv[,1:4],2)+log(hiv[,5:8],2)

lRnorm<-norm1c(lR,lI)


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