R语言 nucleR包 export.bed()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

export.bed(nucleR)
export.bed()所属R语言包：nucleR

                                         Export ranges in BED format
                                         在床上格式导出范围

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Export ranges in BED format, compatible with UCSC genome browser, IGB, and others
在床的格式，IGB UCSC基因组浏览器，兼容，以及其他出口范围


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'IRanges'
export.bed(ranges, score=NULL, chrom, name, desc=name, filepath=name)
## S4 method for signature 'CompressedIRangesList'
export.bed(ranges, score=NULL, name, desc=name, filepath=name, splitByChrom=TRUE)
## S4 method for signature 'RangedData'
export.bed(ranges, score=NULL, name, desc=name, filepath=name, splitByChrom=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：ranges
Ranges to export, in IRanges, IRangesList or RangedData format  
范围出口，在IRanges，IRangesList或RangedData格式


参数：score
Score data if not included in ranges object. Bed file will put all scores=1000 if scores are not present  
分数数据，如果不包括在ranges对象。床的文件，把所有的分数= 1000，如果成绩不存在


参数：chrom
For single IRanges objects, the chromosome they represent. For other data types, values from names(...) will be used.  
对于单IRanges对象，他们的染色体代表。对于其他数据类型，值从names(...)将使用。


参数：name
Name of the track  
赛道名称


参数：desc
Description of the track  
赛道的说明


参数：filepath
Path and prefix of the file(s) to write. Chromosome number and "bed" extension will be automatically added.  
（S）写的文件的路径和前缀。染色体数目和“床”的延伸，将自动加入。


参数：splitByChrom
If multiple chromosomes are given, should they be splitted into one file per chromosome or shall them be saved all together?  
如果有多个染色体，他们应该被细分为每一个染色体的文件或将它们保存在一起吗？


值----------Value----------

(none)
（无）


作者（S）----------Author(s)----------



Oscar Flores <a href="mailtoflores@mmb.pcb.ub.es">oflores@mmb.pcb.ub.es</a>




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


        ## Not run: [＃无法运行：]
                #Generate random ranges with scores[生成随机范围与分数]
                ran = RangedData(IRanges(start=1:100, end=101:200), score=(1:100) / 100)       
                names(ran) = "chrX"
       
                #Export as bed file[出口文件作为床]
                export.bed(ran, name="test_track", description="Just a test track")
               
                #If executed, this would create a file named "test_track.chrX.bed" with:[如果执行，这将创建文件名为“test_track.chrX.bed”：]
       
                #        track name="test_track" description="Just a test track" useScore=0[曲目名称=“test_track”描述=“只是一个测试赛道”useScore = 0]
                # chrX    1 101 nucl1 0.01[1 101 nucl1 0.01 chrX]
                # chrX    2 102 nucl2 0.02[chrX 2 102 nucl2 0.02]
                # chrX    3 103 nucl3 0.03[chrX 3 103 nucl3 0.03]
                # ...[...]
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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