R语言 NTW包 patterns.priorA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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patterns.priorA(NTW)
patterns.priorA()所属R语言包：NTW

                                         Approaches to use a priori known gene association information for a single row estimation in matrix A
                                         使用单列估计在矩阵一个先验已知的基因关联信息的方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given some information of the gene interaction network, for example the estimated gene association matrix pred.net by other algorithms or from literature, NTW can use this prior information to enhance acurracy. NTW offers two approaches to infer the gene network, i.e. forward and backward, on the base of pred.net. The former computes further  edges than the ones in pred.net, while the latter prunes edges.
鉴于基因相互作用网络的一些信息，例如估计基因关联矩阵等算法或从文学pred.net，新界西可以使用此之前的信息，以提高acurracy。新界西提供两种方法来推断的基因网络，即前进和后退，上的pred.net碱基。前者计算进一步比在pred.net的边缘，而后者则梅干的边缘。


用法----------Usage----------


backward(r, X, pert, topD, restk, cFlag, TA, noiseLevel)
forward(r, X, pert, topD, restk, cFlag, TA, noiseLevel)



参数----------Arguments----------

参数：r
A number to indicate the row of A to be estimated when row r of P is fixed.  
一个数字来表示，估计到时行P R是固定的行。


参数：X
Gene expression data, a matrix with genes as rows and perturbations as columns.  
基因表达数据，一个矩阵的行和列扰动的基因。


参数：pert
Row r in P.  
在体育行r


参数：topD
A parameter in NTW algorithm for keeping the top topD combinations of non-zero regressors of row r in A, see vignette for details.  
保持非零行的R回归的顶部topD组合的参数，以新界西的算法详见暗角。


参数：restk
The number of non-zero regressors for the estimation of row r in A.  
该行估计，在Aŕ数非零回归


参数：cFlag
A flag to identify the regression methods, "geo" for geometric mean method, "sse" for sum of square method and "ml" for maximum likelihood method.  
一个标志，以确定回归方法，几何平均法“GEO”，“上交所”最小二乘法和最大似然法“毫升”的总和。


参数：TA
A vector including the indexes of non-zero elements in row r of the network containing a priori information, pred.net.
一个包括行ŕ包含网络的先验信息，pred.net非零元素指标的向量。


参数：noiseLevel
Only used in "ml" method, to indicate the noise level in each perturbed experiment.  
只用“毫升”的方法，在每个扰动的实验表明，噪音水平。


值----------Value----------


参数： A.row
A vector of estimated row r  in A.  
答：估计行r的向量


参数： CrtValue
The minimum value from the objective function.  
从目标函数的最小值。


作者（S）----------Author(s)----------


Wei Xiao, Yin Jin, Darong Lai, Xinyi Yang,Yuanhua Liu, Christine Nardini

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