P.preestimation(NTW)
P.preestimation()所属R语言包:NTW
Pre-estimation of the transcriptional pertubation targets matrix P
转录摄动预先估计目标矩阵P
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Pre-estimate the potential transcriptional perturbation targets matrix P according to gene expression data X . Those genes with the changes in top topK will be assumed as possible targets of the perturbations.
预估计潜在的转录扰动的目标矩阵P,根据基因表达数据X。顶部TOPK的变化,这些基因将被假定的扰动可能的目标。
用法----------Usage----------
P.preestimation(X, topK)
参数----------Arguments----------
参数:X
Gene expression data, a matrix with rows as genes and columns as experiments.
基因表达数据,以作为基因的行和列作为实验的矩阵。
参数:topK
The number of possible targets of the perturbations.
扰动可能的目标。
值----------Value----------
A matrix with the same structure of X or P.
一个矩阵具有相同的结构的X或P.
作者(S)----------Author(s)----------
Wei Xiao, Yin Jin, Darong Lai, Xinyi Yang, Yuanhua Liu, Christine Nardini
举例----------Examples----------
data(sos.data)
X<-sos.data
X<-as.matrix(X)
IX<-P.preestimation(X, topK= round(0.6*nrow(X)))
IX
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