R语言 NTW包 NTW()函数中文帮助文档(中英文对照)

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NTW(NTW)
NTW()所属R语言包：NTW

                                         Estimation of gene interaction matrix A and perturbation targets matrix P
                                         估计基因相互作用矩阵A和扰动的目标矩阵P

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to estimate the whole gene interaction matrix A and the perturbation targets matrix P, row-wise, using the NTW algorithm (see reference), based on ODE method.  In this method, the linearized ODE can solved using 3 regression methods: geo, sse and ml. In order to save computation time, and improve results, NTW offers the opportunity to input gene association information output from other algorithms or from the literature. The non-null regressors in the gene association network will help fix the regressors to be estimated in the final matrix A. Two ways are supplied to use the non-zero information, namely forward and backward approaches. In the "backward" pattern, only the non-zero positions in the prior gene association network will be used as regressors in A. While in the "forward" pattern, both these non-zero positions and some other possible positions (depending on restK ) in A are used as regressors.
此功能是用来估计整个基因相互作用矩阵A和扰动的目标矩阵P，逐行，新界西算法（见参考文献），基于ODE方法。在此方法中，线性ODE可以解决使用回归方法：GEO，上证所和毫升。为了节省计算时间，并改善结果，新界西提供了机会来输入基因从其他算法或从文学协会的信息输出。在基因关联网络的非空的回归将有助于解决回归估计要在最后的矩阵A两种方式提供使用非零的信息，即前进和后退的办法。在“落后”的格局，只有在之前的基因关联网络的非零位置将作为回归A中，在“前进”的模式，这两个非零的位置和其他一些可能的位置（取决于上restK）在被用作回归。


用法----------Usage----------


NTW(X, restK, topD, topK = NULL, P.known = NULL, cFlag, pred.net = NULL, sup.drop = -1, numP = NULL, noiseLevel = 0.1)



参数----------Arguments----------

参数：X
Gene expression data, a matrix with genes as rows and perturbations as columns.  
基因表达数据，一个矩阵的行和列扰动的基因。


参数：restK
A vector (length equals to nrow(A)) with each element to indicate the number of non-zero regressors in the corresponding row of A.  
A.相应的行数表示的非零回归向量与每个元素（长度等于给NROW（一））


参数：topD
A parameter in NTW algorithm for keeping the top topD combinations of non-zero regressors of a single row in A, see vignette for details.  
保持在一个单一行的非零回归的顶部topD组合新界西算法的参数，详见暗角。


参数：topK
The number of possible targets of the perturbations, used for pre-estimate the perturbation targets matrix P .  
预先估计的扰动，扰动可能的目标，针对矩阵P。


参数：P.known
A known P matrix with the same dimensions of X.
一个称为X的尺寸相同的P矩阵


参数：cFlag
A flag to tell the regression methods, "geo" for geometric mean method, "sse" for sum of square method and "ml" for maximum likelihood method.  
告诉回归方法，“GEO”几何平均法，最小二乘法和最大似然法“毫升”的总和“上交所”的一个标志。


参数：pred.net
A matrix with the same dimensions of A for the prior gene association information. Default is NULL.  
一个矩阵A的前基因关联信息的尺寸相同。默认值为NULL。


参数：sup.drop
An indication to show the pattern for using the prior gene association information.  1 for "forward" pattern and -1 for "backward" pattern.  
迹象显示模式，使用前基因关联信息。 “前进”模式和“落后”的格局-1 1。


参数：numP
A number set to limit the possibilities that one gene will be targeted by perturbations. That is at most numP perturbations can directly perturb one gene.  
一个数量设置限制将被扰动的目标，一个基因的可能性。这是在最numP扰动，可以直接干扰一个基因。


参数：noiseLevel
Only used in ml method, to indicate the noise level in each perturbed experiment.  
仅用于毫升的方法，在每个扰动的实验表明，噪音水平。


值----------Value----------


参数： est.A
Estimated gene interaction matrix A, with genes as rows and columns.
估计基因相互作用矩阵A的行和列的基因。


参数： est.P
Estimated perturbation targets matrix P, with genes as rows and perturbations as columns.  
估计扰动的目标矩阵P，行和列扰动的基因。


作者（S）----------Author(s)----------


Wei Xiao, Yin Jin, Darong Lai, Xinyi Yang,Yuanhua Liu, Christine Nardini



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------



##NTW testing without prior gene association information, regression is done by "sse"##[＃新界西，恕不另行基因关联信息的测试，回归是通过“上交所”＃]
data(sos.data)
X<-sos.data
X<-as.matrix(X)
restK=rep(ncol(X)-1, nrow(X))
topD = round(0.6*nrow(X))
topK = round(0.5*nrow(X))
numP = round(0.25*nrow(X))
result<-NTW(X, restK, topD, topK, P.known=NULL, cFlag="sse",
              pred.net = NULL, sup.drop = -1,numP, noiseLevel=0.1)
result$est.A
result$est.P

##NTW testing with prior gene association information, regression is done by "geo"##[＃新界西与前基因关联信息的测试，回归是通过“地缘”＃＃]
pred.net<-matrix(round(runif(nrow(X)*nrow(X), min=0, max=1)), nrow(X), nrow(X))
result<-NTW(X, restK, topD, topK, P.known=NULL, cFlag="geo",
              pred.net, sup.drop = -1,numP, noiseLevel=0.1)
result$est.A
result$est.P


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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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