A.estimation.Srow(NTW)
A.estimation.Srow()所属R语言包：NTW
Estimation of a single row in matrix A with the perturbation targets matrix P known
估计目标在矩阵扰动单列矩阵P称为
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimating a single row of gene interaction matrix A when the perturbation targets matrix P is given. The single row in A is then regressed according to the equation AX=P with one of the three regression methods, geo, sse and ml .
估计单行的基因相互作用矩阵A矩阵P是当扰动的目标。在一个单一的行，然后根据三个回归方法，GEO，上证所和毫升方程AX =回归。
用法----------Usage----------
A.estimation.Srow(r, cMM.corrected, pred.net, X, P.known, topD, restK, cFlag, sup.drop, noiseLevel)
参数----------Arguments----------
参数：r
A number indicating the row of A to be estimated.
行的一个估计数字显示。
参数：cMM.corrected
A flag to indicate whether a prior network is applied.
一个标志，表示是否之前的网络应用。
参数：pred.net
A matrix with the same dimensions of A for prior network, which should be specified if cMM.corrected is 1, default is NULL.
一个矩阵与以前的网络，如果cMM.corrected应指定一个相同的尺寸为1，默认值为NULL。
参数：X
Gene expression data, a matrix with genes as rows and perturbations as columns.
基因表达数据，一个矩阵的行和列扰动的基因。
参数：P.known
A known P matrix with the same dimensions of X.
一个称为X的尺寸相同的P矩阵
参数：topD
A parameter in NTW algorithm for keeping the top topD combinations of non-zero regressors of row r in A, see vignette for details.
保持非零行的R回归的顶部topD组合的参数，以新界西的算法详见暗角。
参数：restK
A vector (length equals to nrow(A)) with each element to indicate the number of non-zero regressors in the corresponding row of A.
A.相应的行数表示的非零回归向量与每个元素（长度等于给NROW（一））
参数：cFlag
A flag to tell the regression methods, "geo" for geometric mean method, "sse" for sum of square method and "ml" for maximum likelihood method.
告诉回归方法，“GEO”几何平均法，最小二乘法和最大似然法“毫升”的总和“上交所”的一个标志。
参数：sup.drop
An indication to identify the pattern for using the prior gene association information. 1 for "forward" pattern and -1 for "backward" pattern, see vignette for details.
的指示，以确定使用前基因关联信息的模式。 1，“前进”模式和“落后”的格局-1详见小插曲。
参数：noiseLevel
Only used in "ml" method, to indicate the noise level in each perturbed experiment.
只用“毫升”的方法，在每个扰动的实验表明，噪音水平。
值----------Value----------
参数： A.row
A vector of estimated row r in A.
答：估计行r的向量
作者（S）----------Author(s)----------
Wei Xiao, Yin Jin, Darong Lai, Xinyi Yang,Yuanhua Liu, Christine Nardini
举例----------Examples----------
##single row estimation without prior gene association information, regression is done by "sse"##[＃单排，恕不另行基因关联信息估计，回归是通过“上交所”＃]
data(sos.data)
X<-sos.data
X<-as.matrix(X)
P.known<-matrix(round(runif(nrow(X)*ncol(X), min=0, max=1)), nrow(X), ncol(X))
restK=rep(ncol(X)-1, nrow(X))
topD = round(0.6*nrow(X))
topK = round(0.5*nrow(X))
result<-A.estimation.Srow(r=1,cMM.corrected = 0, pred.net= NULL,X,P.known, topD, restK,
cFlag="sse",sup.drop = -1, noiseLevel=0.1)
result$A.row
##single row estimation with prior gene association information, regression is done by "geo"###[＃单一行估计，回归前基因关联信息是通过“地缘”＃＃＃]
pred.net<-matrix(round(runif(nrow(X)*nrow(X), min=0, max=1)), nrow(X), ncol(X))
result<-A.estimation.Srow(r=1,cMM.corrected = 1, pred.net,X,P.known,topD, restK,
cFlag="geo",sup.drop = -1, noiseLevel=0.1)
result$A.row
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注：
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发表于 2012-2-26 07:52:37
