selectHKs(NormqPCR)
selectHKs()所属R语言包：NormqPCR
Selection of reference/housekeeping genes
选择参考/管家基因
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function can be used to determine a set of reference/housekeeping (HK) genes for gene expression experiments
此功能可用于确定参考/家政（香港）基因组基因表达的实验
用法----------Usage----------
selectHKs(qPCRBatch, ...)
## S4 method for signature 'qPCRBatch'
selectHKs(qPCRBatch, group, method = "geNorm", minNrHKs = 2, log = TRUE, Symbols,
trace = TRUE, na.rm = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：qPCRBatch
qPCRBatch, containing the data (expression matrix) in the exprs slot
qPCRBatch，包含数据（表达矩阵在exprs插槽）
参数：...
Extra arguments, detailed below
额外的参数，下面详细介绍
参数：group
optional factor not used by all methods, hence may be missing
可选的因素，不是所有的方法，因此可能会丢失
参数：method
method to compute most stable genes
最稳定的基因的方法来计算
参数：minNrHKs
minimum number of HK genes that should be considered
最低数量应被视为香港基因
参数：log
logical: is data on log-scale
逻辑：大规模log数据
参数：Symbols
gene symbols
基因符号
参数：trace
logical, print additional information
逻辑，打印的其他信息
参数：na.rm
a logical value indicating whether NA values should be stripped before the computation proceeds.
一个逻辑值，指示是否NA值前应计算收益剥离。
Details
详情----------Details----------
This function can be used to determine a set of reference/housekeeping (HK) genes for gene expression experiments. The default method "geNorm" was proposed by Vandesompele et al. (2002).
此功能可以用来确定一个参考/家政（香港）基因组的基因表达实验。默认的方法"geNorm"提出由Vandesompele等。 （2002年）。
Currently, the geNorm method by Vandesompele et al. (2002) and the NormFinder method of Andersen et al. (2004) are implemented.
目前，由Vandesompele等的geNorm方法。 （2002年）和Andersen等NormFinder的方法。 （2004年）的贯彻落实。
Vandesompele et al. (2002) propose a cut-off value of 0.15 for the pairwise variation. Below this value the inclusion of an additional housekeeping gene is not required.
vandesompele等人。 （2002）提出一个成对的变化为0.15的临界值。低于此值包含一个额外的看家基因并不是必需的。
值----------Value----------
If method = "geNorm" a list with the following components is returned
如果method = "geNorm"以下组件列表返回
参数：ranking
ranking of genes from best to worst where the two most stable genes cannot be ranked
基因的排名从最佳到最差的两个最稳定的基因不能被排名
参数：variation
pairwise variation during stepwise selection
成对的变化过程中逐步选择
参数：meanM
average expression stability M
平均表达稳定中号
If method = "NormFinder" a list with the following components is returned
如果method = "NormFinder"以下组件列表返回
参数：ranking
ranking of genes from best to worst where the two most stable genes cannot be ranked
基因的排名从最佳到最差的两个最稳定的基因不能被排名
参数：rho
stability measure rho of Andersen et al. (2004)
Andersen等措施稳定RHO。 （2004年）
作者（S）----------Author(s)----------
Matthias Kohl <a href="mailto:Matthias.Kohl@stamats.de">Matthias.Kohl@stamats.de</a>
参考文献----------References----------
normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 2002. 3(7):research0034.1-0034.11. http://genomebiology.com/2002/3/7/research/0034/
Normalization of Real-Time Quantitative Reverse Transcription-PCR Data: A Model-Based Variance Estimation Approach to Identify Genes Suited for Normalization, Applied to Bladder and Colon Cancer Data Sets. CANCER RESEARCH 64, 5245-5250, August 1, 2004. http://cancerres.aacrjournals.org/cgi/content/full/64/15/5245
举例----------Examples----------
data(geNorm)
tissue <- as.factor(c(rep("BM", 9), rep("FIB", 20), rep("LEU", 13),
rep("NB", 34), rep("POOL", 9)))
res.BM <- selectHKs(geNorm.qPCRBatch[,tissue == "BM"], method = "geNorm",
Symbols = featureNames(geNorm.qPCRBatch), minNrHK = 2, log = FALSE)
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 07:52:10
