R语言 nem包 plot.nem()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot.nem(nem)
plot.nem()所属R语言包：nem

                                        plot nested effect model
                                         图嵌套效果模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot graph of nested effects model, the marginal likelihood distribution or the posterior position of the effected genes
图模型嵌套效果，边际可能性分布图或受影响的基因后的位置


用法----------Usage----------


        ## S3 method for class 'nem'
plot(x, what="graph", remove.singletons=FALSE, PDF=FALSE, filename="nemplot.pdf", thresh=0, transitiveReduction=FALSE, plot.probs=FALSE, SCC=TRUE, D=NULL, draw.lines=FALSE, palette="BlueRed",...)



参数----------Arguments----------

参数：x
nem object to plot
NEM对象绘制


参数：what
(i), "graph", (ii) "mLL" = likelihood distribution, (iii) "pos" = posterior position of effected genes
（一），（三）“图”，（二）“MLL”的可能性分布，“POS”影响的基因后位


参数：remove.singletons
remove unconnected nodes from the graph plot
从图图删除无关的节点


参数：PDF
output as PDF-file
输出为PDF文件


参数：filename
filename of PDF-file
PDF文件的文件名


参数：thresh
if x has a real valued adjacency matrix (weight matrix),  don't plot edges with |weight| <= thresh
如果x有一个真正有价值的邻接矩阵（权矩阵），不绘制边|减肥| <=阈值


参数：transitiveReduction
plot a transitively reduced graph  
绘制传递减少图


参数：plot.probs
plot edge weights/probabilities. If regulation directions have been inferred (see infer.edge.type), upregulated edges are drawn red and downregulated edges blue. Edges, were no clear direction could be inferred, are drawn in black.  
图边权/概率。如果调控的方向已推断（见蓝infer.edge.type），上调边缘绘制红色和下调的边缘。边缘没有明确的方向，可以推断，得出黑色。


参数：SCC
plot the strongly connected components graph
绘制强烈连接的组件图


参数：D
Visualize the nested subset structure of the dataset via plotEffects along with the graph and show the linking of E-genes to S-genes in the dataset. Should only be used for small networks. Default: Just plot the graph
通过plotEffects一起的图形可视化数据集的嵌套子集结构和显示连接的E基因数据集的S-基因。应该只用于小型网络。默认：只要绘制图形


参数：draw.lines
If the nested subset structure is shown, should additionally lines connecting S-genes and their associated E-genes be drawn? WARNING: For larger datasets than e.g. 5 S-genes this most probably does not work, because the nested subset structure picture then partially overlaps with the graph picture. Default: Do not draw these lines
如果嵌套的子集结构显示，此外线连接S-基因和其相关的电子基因绘制？警告：对于更大的数据集比如5个S基因最有可能不工作，因为部分嵌套子集结构图，然后与图形图像的重叠。默认：不要画这些线


参数：palette
color palette to use: either 'BlueRed' (default) or 'Grey'
调色板使用：要么“BlueRed”（默认）或“灰色”


参数：...
other arguments to be passed to the Rgraphviz plot function or to the graphics 'image' function.
其他参数被传递到的Rgraphviz绘图功能或图形图像的功能。


值----------Value----------

none
没有


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Markowetz &lt;URL: http://genomics.princeton.edu/~florian&gt;, Holger Froehlich &lt;URL: http://www.dkfz.de/mga2/people/froehlich&gt;



参见----------See Also----------

nem, plotEffects, infer.edge.type
nem，plotEffects，infer.edge.type

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注：
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