R语言 nem包 nem.jackknife()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nem.jackknife(nem)
nem.jackknife()所属R语言包：nem

                                        Jackknife for nested effect models
                                         刀切为嵌套效应模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Assesses the statistical stability of a network via a jackknife procedure: Each S-gene is left out once and the network reconstructed on the remaining ones. The relative frequency of each edge to appear in n-1 jackknife samples is returned.
评估通过刀切过程中的统计网络的稳定性：每个S-基因一旦离开了网络上剩余的重建。每个边缘的相对频率出现在N-1折刀样品返回。


用法----------Usage----------


nem.jackknife(D, thresh=0.5, inference="nem.greedy",models=NULL,control=set.default.parameters(unique(colnames(D))), verbose=TRUE)

## S3 method for class 'nem.jackknife'
print(x, ...)



参数----------Arguments----------

参数：D
data matrix with experiments in the columns (binary or continious)
矩阵中列的实验数据（二进制或305.11）


参数：thresh
only edges appearing with a higher frequency than "thresh" are returned
返回只出现一个更高的频率比“阈值”的边缘


参数：inference
search to use exhaustive enumeration, triples for triple-based inference, pairwise for the pairwise heuristic, ModuleNetwork for the module based inference, nem.greedy for greedy hillclimbing, nem.greedyMAP for alternating MAP optimization using log odds or log p-value densities
search使用详尽列举，triples三重基于推理，pairwise为成对启发式，ModuleNetwork的模块为基础的推理，nem.greedy贪婪hillclimbing ，nem.greedyMAPp值交替图优化log赔率或log密度


参数：models
a list of adjacency matrices for model search. If NULL, an  exhaustive enumeration of all possible models is performed.
邻接矩阵模型搜索列表。如果为NULL，详尽列举所有可能的模式进行。


参数：control
list of parameters: see set.default.parameters
参数列表：看到set.default.parameters


参数：verbose
do you want to see progression statements? Default: TRUE
你想看到进展的报表？默认：true


参数：x
nem object
NEM对象


参数：...
other arguments to pass
其他参数传递


Details

详情----------Details----------

Calls nem or nemModelSelection internally, depending on whether or not parameter lambda is a vector and parameter Pm != NULL.
调用nem或nemModelSelection内部，取决于是否参数lambda是一个向量和参数时！= NULL


值----------Value----------

nem object with edge weights being the jackknife probabilities
被刀切概率的边缘重量与NEM对象


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Froehlich



参见----------See Also----------

nem.bootstrap, nem.consensus, nem, nemModelSelection
nem.bootstrap，nem.consensus，nem，nemModelSelection


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
   data("BoutrosRNAi2002")
   D <- BoutrosRNAiDiscrete[,9:16]
   nem.jackknife(D, control=set.default.parameters(unique(colnames(D)), para=c(0.13,0.05)))         

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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