R语言 nem包 nem.cont.preprocess()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nem.cont.preprocess(nem)
nem.cont.preprocess()所属R语言包：nem

                                        Calculate classification probabilities of perturbation data according to control experiments
                                         根据对照实验，计算扰动数据的分类概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates probabilities of data to define effects of interventions with respect to wildtype/control measurements
野生型/控制测量的数据计算的概率来定义的干预效果


用法----------Usage----------


nem.cont.preprocess(D,neg.control=NULL,pos.control=NULL,nfold=2, influencefactor=NULL, empPval=.05, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：D
matrix with experiments as columns and effect reporters as rows
矩阵与列和行的效果记者实验


参数：neg.control
either indices of columns in D or a matrix with the same number of rows as D
D或与相同数量的行D的矩阵列任指数


参数：pos.control
either indices of columns in D or a matrix with the same number of rows as D
D或与相同数量的行D的矩阵列任指数


参数：nfold
fold-change between neg. and pos. controls for selecting effect reporters. Default: 2
倍之间的负变化。和POS。选择的影响记者的控制。默认是：2


参数：influencefactor
factor multiplied onto the probabilities, so that all negative control genes are treated as influenced, usually automatically determined
乘以到的概率，使所有的负调控基因影响的治疗，通常会自动确定


参数：empPval
empirical p-value cutoff for effects if only one control is available
经验p值截止的影响，如果只有一个控制


参数：verbose
Default: TRUE
默认：true


Details

详情----------Details----------

Determines the empirical distributions of the controls and calculates the probabilities of pertubartion data to belong to the control distribution(s).
确定控件的经验分布，并计算出的概率pertubartion数据属于控制分布（S）。


值----------Value----------


参数：dat
data matrix
数据矩阵


参数：pos
positive controls [in the two-controls setting]
在两个控件设置阳性对照[]


参数：neg
negative controls [in the two-controls setting]
在两个控件设置阴性对照[]


参数：sel
effect reporters selected [in the two-controls setting]
选择效果记者在两个控件设置]


参数：prob.influenced
probability of a reporter to be influenced
以影响记者的概率


参数：influencefactor
factor multiplied onto the probabilities, so that all negative control genes are treated as influenced
乘以到的概率，使所有的负调控基因影响的治疗


注意----------Note----------

preliminary! will be developed to be more generally applicable
初步的！将发展成为更普遍适用


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Markowetz <URL: http://genomics.princeton.edu/~florian>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


   data("BoutrosRNAi2002")
   preprocessed <- nem.cont.preprocess(BoutrosRNAiExpression,neg.control=1:4,pos.control=5:8)

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