R语言 multtest包 mt.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

mt.plot(multtest)
mt.plot()所属R语言包：multtest

                                        Plotting results from multiple testing procedures
                                         从多个测试程序的绘图结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function produces a number of graphical summaries for the results of multiple testing procedures and their corresponding
此功能产生了多个测试程序的结果的数量和其相应的图形摘要


用法----------Usage----------


mt.plot(adjp, teststat, plottype="rvsa", logscale=FALSE, alpha=seq(0, 1, length = 100), proc, leg=c(0, 0), ...)



参数----------Arguments----------

参数：adjp
A matrix of adjusted p-values, with rows corresponding to hypotheses (genes) and columns to multiple testing procedures. This matrix could be obtained from the functions mt.maxT, mt.minP, or mt.rawp2adjp.
一个矩阵，调整p值假说（基因）和多个测试程序列对应的行。这个矩阵可以从功能mt.maxT，mt.minP或mt.rawp2adjp。


参数：teststat
A vector of test statistics for each of the hypotheses. This vector could be obtained from the functions mt.teststat, mt.maxT, or mt.minP.
一个假设每个向量的检验统计量。这个向量可以从功能得到mt.teststat，mt.maxT或mt.minP。


参数：plottype
A character string specifying the type of graphical summary for the results of the multiple testing procedures. <br> If plottype="rvsa", the number of rejected hypotheses is plotted against the nominal Type I error rate for each of the procedures given in proc.<br> If plottype="pvsr", the ordered adjusted p-values are plotted for each of the procedures given in proc. This can be viewed as a plot of the Type I error rate against the number of rejected hypotheses. <br> If plottype="pvst", the adjusted p-values are plotted against the test statistics for each of the procedures given in proc. <br> If plottype="pvsi", the adjusted p-values are plotted for each of the procedures given in proc using the original data order.   
指定一个字符串类型的图形摘要多个测试程序的结果。 <br>如果plottype="rvsa"，拒绝假说绘制名义proc参考。每个程序类型错误率，对如果plottype="pvsr"，有序调整p值的每个proc程序绘制。这可以看作是一个图I型错误率对拒绝假说。如果plottype="pvst"，调整后的P-值对在proc给每个程序的测试统计数据绘制的参考。参考如果plottype="pvsi"，调整后的P-值在每个程序中绘制proc使用原始数据的顺序。


参数：logscale
A logical variable for the pvst and pvsi plots. If logscale is TRUE, the negative decimal logarithms of the adjusted p-values are plotted against the test statistics or gene indices. If logscale is FALSE, the adjusted p-values are plotted against the test statistics or gene indices.
一个逻辑变量pvst和pvsi图。 logscale如果TRUE负的十进制调整后的P-值的对数对测试统计或基因指标绘制。如果logscale是FALSE调整p值的检验统计量或基因指标对绘制。


参数：alpha
A vector of nominal Type I error rates for the rvsa plot.
我的名义类型的矢量误差率rvsa图。


参数：proc
A vector of character strings containing the names of the multiple testing procedures, to be used in the legend.
一个矢量字符字符串包含多个测试程序的名称，传说中的使用。


参数：...
Graphical parameters such as col, lty, pch, and lwd may also be supplied as arguments to the function (see par).
图形参数，如col，lty，pch，lwd也可能被作为参数提供的功能（见par）。


参数：leg
A vector of coordinates for the legend.
传说中的坐标向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Sandrine Dudoit,  <a href="http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine">http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine</a>, <br>
Yongchao Ge, <a href="mailto:yongchao.ge@mssm.edu">yongchao.ge@mssm.edu</a>.




参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

mt.maxT, mt.minP, mt.rawp2adjp,  mt.reject, mt.teststat, golub.
mt.maxT，mt.minP，mt.rawp2adjp，mt.reject，mt.teststat，golub。


举例----------Examples----------


# Gene expression data from Golub et al. (1999)[Golub等基因表达数据。 （1999）]
# To reduce computation time and for illustrative purposes, we condider only[为了减少计算时间，并说明目的，我们只condider]
# the first 100 genes and use the default of B=10,000 permutations.[第100个基因，并使用默认的B =万排列。]
# In general, one would need a much larger number of permutations[在一般情况下，将需要一个更大的数目排列]
# for microarray data.[微阵列数据。]

data(golub)
smallgd<-golub[1:100,]
classlabel<-golub.cl

# Permutation unadjusted p-values and adjusted p-values for maxT procedure[未经调整的置换P-值和p值调整maxT过程]
res1<-mt.maxT(smallgd,classlabel)
rawp<-res1$rawp[order(res1$index)]
teststat<-res1$teststat[order(res1$index)]

# Permutation adjusted p-values for simple multiple testing procedures[置换调整p值简单的多个测试程序]
procs<-c("Bonferroni","Holm","Hochberg","SidakSS","SidakSD","BH","BY")
res2<-mt.rawp2adjp(rawp,procs)

# Plot results from all multiple testing procedures[图从多个测试程序结果]
allp<-cbind(res2$adjp[order(res2$index),],res1$adjp[order(res1$index)])
dimnames(allp)[[2]][9]<-"maxT"
procs<-dimnames(allp)[[2]]
procs[7:9]<-c("maxT","BH","BY")
allp<-allp[,procs]

cols<-c(1:4,"orange","brown","purple",5:6)
ltypes<-c(3,rep(1,6),rep(2,2))

# Ordered adjusted p-values[责令调整p值]
mt.plot(allp,teststat,plottype="pvsr",proc=procs,leg=c(80,0.4),lty=ltypes,col=cols,lwd=2)

# Adjusted p-values in original data order[调整后的P-值原始数据，以便]
mt.plot(allp,teststat,plottype="pvsi",proc=procs,leg=c(80,0.4),lty=ltypes,col=cols,lwd=2)

# Number of rejected hypotheses vs. level of the test[拒绝假设的数量与水平测试]
mt.plot(allp,teststat,plottype="rvsa",proc=procs,leg=c(0.05,100),lty=ltypes,col=cols,lwd=2)

# Adjusted p-values vs. test statistics[调整后的P-值与测试统计]
mt.plot(allp,teststat,plottype="pvst",logscale=TRUE,proc=procs,leg=c(0,4),pch=ltypes,col=cols)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。