R语言 MSnbase包 readMzXMLData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readMzXMLData(MSnbase)
readMzXMLData()所属R语言包：MSnbase

                                         Import mzXML files as 'MSnExp' instances.
                                         导入“MSnExp”实例的文件mzXML。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads mzXML files and generates an "MSnExp" object.
读取mzXML文件，并生成"MSnExp"对象。

Note: the preferred function to import raw data to generate MSnExp objects is readMSData.
注：导入原始数据生成的首选功能MSnExp对象是readMSData。


用法----------Usage----------


readMzXMLData(files, pdata = NULL, msLevel = 2, verbose = TRUE,
centroided = FALSE, smoothed = FALSE, removePeaks = 0, clean = FALSE,
cache = 1)



参数----------Arguments----------

参数：files
character vector with file names to be read.  
要读取的文件名与特征向量。


参数：pdata
an object of class "NAnnotatedDataFrame".  
对象类"NAnnotatedDataFrame"。


参数：msLevel
MS level spectra to be read. Use '1' for MS1 spectra of any larger numeric for MSn spectra. Default is '2'.  
可读取MS一级谱。使用1为MS1的光谱任何MSN光谱的更大的数字。默认值为2。


参数：centroided
Logical indicating whether spectra are centroided or not. Default is 'FALSE'. Used to initialise "MSnProcess" object in processingData slot.  
Logical指示是否谱centroided的或没有。默认为“假”。用于初始化"MSnProcess"processingData插槽的对象“。


参数：smoothed
Logical indicating whether spectra already smoothed or not. Default is 'FALSE'. Used to initialise "MSnProcess" object in processingData slot.  
Logical指示是否谱已经平滑与否。默认为“假”。用于初始化"MSnProcess"processingData插槽的对象“。


参数：removePeaks
If > 0 (default), all peaks less or equal then value will set to 0. See removePeaks for more details and examples.  
如果> 0（默认），小于或等于所有高峰值，然后将设置为0。看到removePeaks更多的细节和例子。


参数：clean
Logical indicating whether 0 intensity peaks should be discarded from spectra. Useful is removePeaks is set. Default is 'FALSE'. See clean for more details and examples.   
0强峰应光谱丢弃的逻辑表示。有用的是设置removePeaks。默认为“假”。看到clean更多的细节和例子。


参数：cache
Numeric indicating caching level. Default is 1. Under development.     
数字显示缓存级别。默认为1。正在开发中。


参数：verbose
verbosity flag.   
冗长的标志。


值----------Value----------

An "MSnExp" object.
"MSnExp"对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto <lg390@cam.ac.uk>




参见----------See Also----------

"MSnExp" as well as the readMSData function to read more formats.
"MSnExp"readMSData功能以及读取更多格式。


举例----------Examples----------


file <- dir(system.file(package="MSnbase",dir="extdata"),
            full.name=TRUE,
            pattern="mzXML$")
aa <- readMzXMLData(file)
aa

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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