R语言 MSnbase包 readMgfData()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readMgfData(MSnbase)
readMgfData()所属R语言包：MSnbase

                                         Import mgf files as 'MSnExp' instances.
                                         作为MSnExp“实例导入MGF文件。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads an mgf file and generates an "MSnExp" object.
读取一个的MGF文件和产生"MSnExp"对象。


用法----------Usage----------


readMgfData(file, pdata = NULL, centroided = TRUE, smoothed = FALSE,
verbose = TRUE, cache = 1)



参数----------Arguments----------

参数：file
character vector with file name to be read.  
要读取的文件名字符与向量。


参数：pdata
an object of class "NAnnotatedDataFrame".  
对象类"NAnnotatedDataFrame"。


参数：smoothed
Logical indicating whether spectra already smoothed or not. Default is 'FALSE'. Used to initialise "MSnProcess" object in processingData slot.  
Logical指示是否谱已经平滑与否。默认为“假”。用于初始化"MSnProcess"processingData插槽的对象“。


参数：centroided
Logical indicating whether spectra are centroided or not. Default is 'TRUE'. Used to initialise "MSnProcess" object in processingData slot.  
Logical指示是否谱centroided的或没有。默认是“TRUE”。用于初始化"MSnProcess"processingData插槽的对象“。


参数：cache
Numeric indicating caching level. Default is 1. Under development.  
数字显示缓存级别。默认为1。正在开发中。


参数：verbose
verbosity flag.   
冗长的标志。


Details

详情----------Details----------

Note that when reading an mgf file, the original order of the spectra is lost. Thus, if the data was originally written to mgf from an MSnExp object using writeMgfData, although the feature names will be identical, the spectra are not as a result of the reordering. See example below.
请注意，阅读MGF文件时，光谱的原始订单丢失。因此，如果数据最初被写了MGF从MSnExp使用writeMgfData对象，虽然功能名称将是相同的，谱是不是作为一个重新排序的结果。见下面的例子。


值----------Value----------

An instance of
一个实例


作者（S）----------Author(s)----------



Guangchuang Yu <guangchuangyu@gmail.com> and Laurent Gatto <lg390@cam.ac.uk>




参见----------See Also----------

writeMgfData method to write the content of "Spectrum" or "MSnExp" objects to mgf files. Raw data files can also be read with the readMSData function.
writeMgfData方法写"Spectrum"或"MSnExp"对象MGF文件的内容，。原始数据文件，也可以读readMSData功能。


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    data(itraqdata)
    writeMgfData(itraqdata,file="itraqdata.mgf",COM="MSnbase itraqdata")
    itraqdata2 <- readMgfData("itraqdata.mgf")
    ## note that the order of the spectra is altered[＃注意，光谱顺序改变]
    ## and precision of some values (precursorMz for instance)[＃和精度的一些值（例如precursorMz）]
    match(signif(precursorMz(itraqdata2),4),signif(precursorMz(itraqdata),4))
    ## [1]  1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...[[1] 1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...]
    ## ... but all the precursors are there[＃...但所有的前体有]
    all.equal(sort(precursorMz(itraqdata2)),sort(precursorMz(itraqdata)),
              check.attributes=FALSE,
              tolerance=10e-5)
    ## is TRUE[＃是属实]
    all.equal(as.data.frame(itraqdata2[[1]]),as.data.frame(itraqdata[[1]]))
    ## is TRUE[＃是属实]
    all.equal(as.data.frame(itraqdata2[[3]]),as.data.frame(itraqdata[[11]]))
    ## is TRUE[＃是属实]
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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