R语言 MSnbase包 plot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot-methods(MSnbase)
plot-methods()所属R语言包：MSnbase

                                         Plotting 'Spectrum' object(s)
                                         绘制的“频谱”对象（S）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These method plot mass spectra MZ values against the intensities as line plots. Full spectra (using the full parameter) or specific peaks of interest can be plotted using the reporters parameter. If reporters are specified and full is set to 'TRUE', a sub-figure of the reporter ions is inlaid inside the full spectrum.
这些方法图质谱线图的强度对锰锌值。全谱（full参数）或特定的利益峰可以绘制使用reporters参数的。如果reporters指定full设置为“TRUE”，记者离子的子图是镶嵌内的全谱。

If an "MSnExp" is provided as argument, all the spectra are aligned vertically. Experiments can be subset to extract spectra of interest using the extractSpectra or extractPrecSpectra methods.
如果"MSnExp"作为参数提供的，所有的光谱垂直对齐。实验中可以使用extractSpectra或extractPrecSpectra方法的利息中提取光谱的子集。

The methods make use the ggplot2 system. An object of class 'ggplot' is returned invisibly.
该方法使使用ggplot2系统。返回无形一个类的ggplot“的对象。


参数----------Arguments----------

参数：x
Objects of class "Spectrum" or "MSnExp" to be plotted.  
类对象"Spectrum"或"MSnExp"绘制。


参数：y
Not used in these methods.  
不使用这些方法。


参数：reporters
An object of class "ReporterIons" that defines the peaks to be plotted. If not specified, full must be set to 'TRUE'.  
一个类的对象"ReporterIons"定义要绘制的山峰。如果没有指定，full必须设置为“TRUE”。


参数：full
Logical indicating whether full spectrum (respectively spectra) of  only reporter ions of interest should be plotted. Default is 'FALSE', in which case reporters must be defined.  
逻辑指示是否应绘制全方位唯一感兴趣的记者离子（分别光谱）。默认为“假”，在这种情况下reporters必须定义。


参数：centroided
Logical indicating if spectrum or spectra are in centroided mode, in which case peaks are plotted as sticks, rather than curves.
逻辑表示如果谱或光谱centroided模式，在这种情况下峰值绘制枝，而不是曲线。


参数：plot
Logical specifying whether plot should be printed to current device. Default is 'TRUE'.
图是否应打印到当前设备的逻辑指定。默认是“TRUE”。


参数：w1
Width of sticks for full centroided spectra. Default is to use maximum MZ value divided by 500.  
宽度支充分centroided光谱。默认是使用最高的锰锌值除以500。


参数：w2
Width of sticks for centroided reporter ions plots. Default is 0.01.   
宽度支为centroided记者离子图。默认值是0.01。


方法----------Methods----------

"ReporterIons", full = "logical", plot = "logical")</dt>  Plots *all* the spectra in the MSnExp object vertically. One of reporters must be defined or full set to 'TRUE'. In case of MSnExp objects, repoter ions are not inlaid when full is 'TRUE'.
“ReporterIons”，全=“逻辑”，图=“逻辑”）</代码> </ DT>图解*所有*MSnExp对象的光谱垂直。 reporters之一必须定义或full设置为“TRUE”。在MSnExp对象的情况下，不repoter离子镶嵌时full为true。

"logical", w1, w2)</dt>  Displays the MZs against intensities of the Spectrum object as a line plot.   At least one of reporters being defined or full set to 'TRUE' is required.  reporters and full are used only for "Spectrum2" objects. Full "Spectrum1" spectra are plotted by default.
“逻辑”，W1，W2）</代码> </ DT>对Spectrum作为一个线图对象的强度显示MZS。至少有一个reporters被定义或full设置为“TRUE”。 reporters和full是只用"Spectrum2"对象。默认情况下，充分"Spectrum1"谱绘制。


作者（S）----------Author(s)----------



Laurent Gatto &lt;lg390@cam.ac.uk&gt;




举例----------Examples----------


file <- dir(system.file(package="MSnbase",dir="extdata"),full.name=TRUE,pattern="mzXML$")
aa <- readMSData(file,verbose=FALSE)
## plotting experiments[＃绘制实验]
plot(aa[1:2],reporters=iTRAQ4)
plot(aa[1:2],full=TRUE)
## plotting spectra[＃绘图光谱]
plot(aa[[1]],reporters=iTRAQ4,full=TRUE)

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