R语言 MSnbase包 normalise-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalise-methods(MSnbase)
normalise-methods()所属R语言包：MSnbase

                                         Normalisation of MSnExp, MSnSet and
                                         标准化，MSnSet MSnExp和

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The normalise method performs basic normalisation on spectra intensities of single spectra ("Spectrum" objects), whole experiments ("MSnExp" objects) or quantified expression data ("MSnSet" objects).
normalise方法进行单光谱（"Spectrum"对象），整个实验（"MSnExp"对象）或量化表达数据（"MSnSet"对象）的光谱强度基本标准化。

Raw spectra and experiments are normalised using max or sum only. Each peak intensity is divided by the highest intensity in the spectrum or the sum of intensities. These methods aim at facilitating relative peaks heights between different spectra.
原始光谱和实验使用max或sum只归。强度最高的光谱或强度的总和除以每个峰的强度。这些方法的目的是促进不同光谱的相对峰之间高度。

The method parameter for "MSnSet" can be one of sum, max, quantiles, quantiles or vsn. For sum and max, each feature's reporter intensity is divided by the maximum of the sum respectively. Using quantiles or  quantiles.robust uses (robust) quantile normalisation, as implemented in normalize.quantiles and normalize.quantiles.robust of the preprocessCore  package. vsn uses the vsn2 from the vsn package. Note that the latter also glog-transforms the intensities. See respective manuals for more details and function arguments.
参数method“"MSnSet"能sum，max，quantiles，quantiles或vsn。 sum和max，每个功能的记者强度最大的总和除以分别。使用quantiles或quantiles.robust使用（健壮）位数的标准化，为实施normalize.quantiles和normalize.quantiles.robustpreprocessCore包。 vsn使用从vsn2包vsn的。请注意，后者也glog转换的强度。看到更多的细节和功能参数各自手册。


参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class "Spectrum",  "MSnExp" or "MSnSet".  
一个对象的类"Spectrum"，"MSnExp"或"MSnSet"。


参数：method
A character vector of length one that describes how to normalise the object. See description for details.  
特征向量的长度，描述如何标准化的对象。有关详情，请参阅的说明。


参数：...
Additional arguments passed to the normalisation function.  
额外的参数传递到标准化的功能。


方法----------Methods----------

Normalises the object reporter ions intensities using
Normalisesobject记者离子强度使用

Normalises the object peak intensities using
Normalisesobject使用峰值强度

Normalises the object peak intensities using
Normalisesobject使用峰值强度


举例----------Examples----------


## quantifying full experiment[＃量化充分的实验]
data(itraqdata)
qnt <- quantify(itraqdata,method="trap",reporters=iTRAQ4)
qnt.nrm <- normalise(qnt,"quantiles")
qnt.nrm

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