R语言 MotIV包 split-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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split-methods(MotIV)
split-methods()所属R语言包：MotIV

                                        Split Motiv Object
                                         斯普利特Motiv对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function splits a 'motiv' object according filters.
此功能拆分motiv对象的过滤器。


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'motiv,filters'
split(x, f, exact=TRUE,drop=FALSE,verbose=TRUE,...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv (usualy provied by motifMatch).
一个对象类motiv（扇贝motifMatch provied）。


参数：f
A filter or a set of filter for motiv object.
motiv对象的过滤器或一组过滤器。


参数：drop
If TRUE, no match motifs will be dropped.
如果TRUE，没有匹配的图案将被丢弃。


参数：verbose
If FALSE, no output will be print.
如果FALSE，没有输出将打印。


参数：exact
If TRUE, search only for perfect name match.
如果TRUE，寻找完美的名称匹配。


参数：...
Further potential arguments passed to methods.
进一步潜在的参数传递方法。


Details

详情----------Details----------

This function is used to split motifs that correspond to the filters.
这个函数是用来分裂图案，对应的过滤器。

Many filter could be pass in argument separated by coma. They will be considered independently (coma is considered as OR).
许多filter可以通过分隔参数昏迷。他们将被视为独立（昏迷OR的考虑）。


值----------Value----------

A list of motiv object.
一个motiv对象的名单。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参见----------See Also----------

setFilter , filter, combine
setFilter，filter，combine


举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

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