R语言 MotIV包 setFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

setFilter(MotIV)
setFilter()所属R语言包：MotIV

                                        Set Motif Filter
                                         设置Motif的过滤器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is use to set a motif filter.
此功能是设置一个主题过滤器的使用。


用法----------Usage----------


  setFilter(name="", tfname="",evalueMax=1, top=10, lengthMax=100,valid=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：name
A name or a list of names.
一个名称或姓名列表。


参数：tfname
A transcription factor name or a list of TF names.
转录因子的名称或TF的名称列表。


参数：evalueMax
An evalue between 0 and 1.
安勤0和1之间。


参数：top
Defines the depth of the filter.
定义过滤器的深度。


参数：lengthMax
The maximum motif length.
主题最大长度。


参数：valid
The alignment that should be considered as valid.
应考虑为有效对齐。


值----------Value----------

A filter object.
一个filter对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参见----------See Also----------

filter , split, combine
filter，split，combine


举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

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