R语言 MotIV包 motifMatch()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

motifMatch(MotIV)
motifMatch()所属R语言包：MotIV

                                        Motifs Matches Analysis
                                         图案赛事分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Search for motifs matches corresponding to PWM.
为主题的搜索匹配相应的PWM。


用法----------Usage----------


  motifMatch(inputPWM, database=jaspar, DBscores=jaspar.scores, cc="PCC", align="SWU", top=5, go=1, ge=0.5)



参数----------Arguments----------

参数：inputPWM
A list of PWM.
PWM的名单。


参数：database
A list of PWM corresponding to the database.
数据库列表中相应的PWM。


参数：DBscores
A matrix object containing the scores associated to the database.
一个矩阵对象，其中包含数据库相关的分数。


参数：cc
The metric name to be used
要使用的度量名称


参数：align
The Alignment method to be used.
要使用对齐方法。


参数：top
The number of identified transcription factors per motif.
每个主题确定转录因子的数量。


参数：go
Gap open penality.
差距开放的惩罚。


参数：ge
Gap extension penality.
间隙扩展惩罚。


Details

详情----------Details----------

For a set of PWMs given by inputPWM, this function realizes alignments with each motif of the database and returns the top best motifs. If no database is provided, the function will use jaspar by loading data(jaspar2010). If no DBscores is given, jaspar.scores from data(jaspar2010_scores) will be used.
此功能为一套inputPWM给定的PWM，实现了每个主题的database路线和返回的top最好的图案。如果没有database提供，该函数将使用加载数据（jaspar2010）JASPAR。如果没有DBscores，jaspar.scores将用于从数据（jaspar2010_scores）。

The e-value is computed according the matric name cc and is corrected by the DBscores.
E-值计算，根据基质的名字cc和DBscores纠正。


值----------Value----------

A motiv object.
一个motiv对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

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