R语言 MotIV包 motifDistances()函数中文帮助文档(中英文对照)

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motifDistances(MotIV)
motifDistances()所属R语言包：MotIV

                                        Clustering PWMs Computation
                                         聚类的PWM计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Set of functions to perfom clustering of PWMs.
功能设置批判者的PWM聚类。


用法----------Usage----------


        motifDistances(inputPWM, DBscores=jaspar.scores, cc="PCC", align="SWU", top=5, go=1, ge=0.5)
        motifHclust(x,...)
        motifCutree(tree,k=NULL, h=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：inputPWM, DBscores, cc, align, top, go, ge
Option for the PWMs distances computation. Refere to motifMatch.
选项的PWM距离计算。引用一个motifMatch。


参数：x,...
Arguments to pass to the hclust function. See hclust.
参数传递的hclust功能。看到hclust。


参数：tree, k, h
Arguments to pass to the cutree function. See cutree.
参数传递的cutree功能。看到cutree。


Details

详情----------Details----------

This function are made to perform motifs clustering.
此功能是由执行图案聚类。

The "motifDistances" function computes the distances between each pair of motifs using the specified alignment.
motifDistances“函数计算每使用指定的对齐图案之间的距离。

The "motifHclust" and "motifCutree" functions are simple redefinition of "hclust" and "cutree".
motifHclust“和motifCutree职能是的”hclust和cutree简单的重新定义。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)

#####Clustering#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃聚类]
d <- motifDistances(getPWM(foxa1.analysis.jaspar))
hc <- motifHclust(d)
plot(hc)
f <- motifCutree(hc, k=2)
foxa1.combine <- combineMotifs(foxa1.analysis.jaspar, f, exact=FALSE, name=c("Group1", "Group2"), verbose=TRUE)


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注：
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