R语言 MotIV包 jaspar2010()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

jaspar2010(MotIV)
jaspar2010()所属R语言包：MotIV

                                        Jaspar 2010 Database
                                         JASPAR 2010数据库

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Jaspar database and Jaspar score.
JASPAR数据库和JASPAR得分。


用法----------Usage----------


jaspar
jaspar.scores



Details

详情----------Details----------

Jaspar is a well-known transcription factor database. Version 2010 contents 130 non-redundant matrix of TF binding sites.
JASPAR是一个众所周知的转录因子数据库。 2010版内容，130个非冗余矩阵的TF结合位点。

The jaspar scores have been computed with Pearson Correlation Coefficient and Smith-Waterman Ungapped alignments.
JASPAR分数已计算Pearson相关系数和Smith-Waterman Ungapped路线。


源----------Source----------

http://jaspar.genereg.net/



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
data(jaspar2010)
data(jaspar2010_scores)

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。