R语言 MotIV包 generateDBScores ()函数中文帮助文档(中英文对照)

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generateDBScores (MotIV)
generateDBScores ()所属R语言包：MotIV

                                        Database Scores Functions
                                         数据库比分职能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions are used to generate scores of a PWM database.
这个函数是用来产生一个PWM数据库的成绩。


用法----------Usage----------


generateDBScores(inputDB,cc="PCC",align="SWU",nRand=1000,go=1,ge=0.5)
readDBScores(file)
writeDBScores(x, file)



参数----------Arguments----------

参数：inputDB
A list of PWM corresponding to the database.
数据库列表中相应的PWM。


参数：cc
The metric name to be used :
要使用的度量名称：


参数：align
The Alignment method to be used.
要使用对齐方法。


参数：go
Gap open penality.
差距开放的惩罚。


参数：ge
Gap extension penality.
间隙扩展惩罚。


参数：nRand
The number of random PWM to be generated. The more higer it is, the more accurate score will be.
要生成的随机PWM。是海格更多，更准确的得分。


参数：file
A character string naming a file.
一个字符串命名的文件。


参数：x
A numeric matrix corresponding to a score.
一个数字矩阵对应的分数。


Details

详情----------Details----------

The score reflects the biais of the database. It is used to compute more precisely e-value alignments.
比分反映biais数据库。它被用来计算更精确的电子价值路线。

generateDBScores : Based on database properties (suchs as length, zero rate, invariant colums ), nRand matrix are generated. A score is calculated for each matrix length with the specified alignment method and metric.
generateDBScores：基于数据库的属性（如长度，零利率不变colums苏奇），nRand矩阵生成。得分计算为每个指定的对齐方法和度量矩阵长度。

The score is associated to a database and a alignment method and metric so you don't have to generate it each time you use the same database. Use the writeDBScores and readDBScores instead. readDBScores : Read a score file. writeDBScores : Write a score file.
score相关数据库和对齐方法和度量，所以你不必生成它每次使用相同的数据库。使用writeDBScores和readDBScores代替。 readDBScores：阅读得分的文件。 writeDBScores：写一个分数文件。


值----------Value----------

A numeric matrix. Columns correspond respectively to the first matrix length, second matrix length, variance, mean, matrix number, distance min and max.
数字矩阵。列分别对应第一方阵长度，第二个矩阵的长度，方差，意味着，矩阵的数量，距离分钟和最大。


警告----------Warning ----------

Because of each matrix is compare to each other, computing time is exponential. You should be aware of this fact before provided a high nRand. 5000 is a good time/accuracy rate choice.
由于每个矩阵是相互比较，计算时间是指数。你应该知道这个事实之前提供了一个高nRand。 5000是一个很好的时间/准确率选择。


作者（S）----------Author(s)----------


Shaun Mahony, modified by Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

'readDBScores', 'writeDBScores'
“readDBScores，writeDBScores”


举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
#jaspar.scores &lt;- generateDBScores(inputDB=jaspar,cc="PCC",align="SWU",nRand=1000)[jaspar.scores < -  generateDBScores（inputDB JASPAR，CC =“宝”，对齐=“西南大学”，nRand = 1000）]
#writeDBScores(jaspar.scores,paste(path,"/extdata/jaspar_PCC_SWU.scores",sep=""))[writeDBScores（jaspar.scores，粘贴（路径，/ extdata / jaspar_PCC_SWU.scores“，SEP =”“））]
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

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