R语言 MotIV包 filter()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

filter(MotIV)
filter()所属R语言包：MotIV

                                        Filter Motifs
                                         过滤母题

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function selects motifs according to a set of filters.
此功能选择图案，根据一组过滤器。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'motiv,filters'
filter(x, f, exact=FALSE, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv.
对象类motiv。


参数：f
A filter or a set of filter for motiv object.
一个过滤器或过滤器motiv对象的集合。


参数：verbose
If FALSE, no output will be print.
如果FALSE，没有输出将打印。


参数：exact
If TRUE, search only for perfect name match.
如果TRUE，寻找完美的名称匹配。


Details

详情----------Details----------

This function is used to select motifs that correspond to the filters.
此功能用于选择对应的过滤器的图案。

Many filter could be pass in argument separated by coma. They will be considered independently.
许多filter可以通过分隔参数昏迷。他们将被认为是独立的。


值----------Value----------

A motiv object.
一个motiv对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



参见----------See Also----------

setFilter , split, combine
setFilter，split，combine


举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

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