R语言 MotIV包 exportAsTransfacFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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exportAsTransfacFile(MotIV)
exportAsTransfacFile()所属R语言包：MotIV

                                        Write Transfac Files
                                         写TRANSFAC文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Export an object of class motiv as a Transfac file type.
出口作为TRANSFAC文件类型一个类motiv的对象。


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'motiv'
exportAsTransfacFile(x, file)
        ## S4 method for signature 'list'
exportAsTransfacFile(x, file)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class motiv to be export.
motiv类的对象是出口。


参数：file
A character string naming a file.
一个字符串命名的文件。


Details

详情----------Details----------

This function is made to provide standard output file used by STAMP. It take an object of class motiv and write two files named *_matched.txt and *_match_pairs.txt containing alignments and identified PWMs.
此功能是提供标准输出文件，由印花税。它以一个类的对象motiv“写两个文件名为*_matched.txt和*_match_pairs.txt包含路线和确定的PWM。

For more information about the Transfac file format, please refere to http://www.benoslab.pitt.edu/stamp/help.html.
欲了解更多有关的TRANSFAC文件格式的信息，请引用一个http://www.benoslab.pitt.edu/stamp/help.html。


作者（S）----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[＃＃＃＃数据库和成绩＃＃＃＃＃]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[＃＃＃＃输入＃＃＃＃＃]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

#####Export#####[＃＃＃＃＃＃＃＃＃导出]
#exportAsTransfacFile(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis")[exportAsTransfacFile（foxa1.filter.combine，文件=“foxa1_analysis”）]

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注：
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