找回密码
 注册
查看: 612|回复: 0

R语言 MotIV包 exportAsRangedData()函数中文帮助文档(中英文对照)

[复制链接]
发表于 2012-2-26 01:08:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
exportAsRangedData(MotIV)
exportAsRangedData()所属R语言包:MotIV

                                        Export MotIV Results
                                         出口MotIV结果

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Export your
导出您的


用法----------Usage----------


exportAsRangedData(x, y, correction=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数:x
An object of class motiv.
对象类motiv。


参数:y
The rGADEM type object associated with the motiv object.
与motiv 对象rGADEM类型的对象。


参数:correction
If TRUE, corrects the position according to the alignment.        
如果TRUE,纠正的位置对齐。


Details

详情----------Details----------

Use this function to export the results into a RangedData object.
使用此功能导出到一个RangedData对象的结果。


值----------Value----------

An object of type RangedData.
一个对象的类型RangedData。


作者(S)----------Author(s)----------


Eloi Mercier &lt;<a href="mailto:emercier@chibi.ubc.ca">emercier@chibi.ubc.ca</a>&gt;



举例----------Examples----------


#####Database and Scores#####[####数据库和成绩#####]
path <- system.file(package="MotIV")
jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))

#####Input#####[####输入#####]
data(FOXA1_rGADEM)
motifs <- getPWM(gadem)
motifs.trimed <- trimPWMedge(motifs, threshold=1)

#####Analysis#####[#########分析]
foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)
summary(foxa1.analysis.jaspar )

#####Filters#####[#########过滤器]
f.foxa1<-setFilter(name="", tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1
foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)
foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)

#####Plots#####[#########图解]
#plot(foxa1.filter.combine, ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="FOXA1", bysim=TRUE)[图(foxa1.filter.combine,NCOL = 2,顶部= 5,REV = FALSE,主要=“FOXA1”,bysim = TRUE)]
#plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="FOXA1")[图(foxa1.filter.combine,gadem,NCOL = 2,类型=“分配”,修正= TRUE,bysim组= FALSE = TRUE时,钢绞线= FALSE,排序= TRUE,则主要=“FOXA1”)]
#plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="FOXA1", strand=FALSE, method=3, xlim=c(-100,100), darg=list(bw=8))[图(foxa1.filter.combine,gadem,类型=“距离”,修正= TRUE组= TRUE,bysim = TRUE,主要=“FOXA1”,钢绞线= FALSE,方法,xlim = 3 = C(-100,100), darg =列表(BW = 8))]

#####RangedData#####[####RangedData#####]
foxa1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["FOXA1"], gadem)
ap1.rd <- exportAsRangedData(foxa1.filter.combine["AP1"], gadem)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

手机版|小黑屋|生物统计家园 网站价格

GMT+8, 2025-2-3 07:20 , Processed in 0.030220 second(s), 16 queries .

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表