R语言 mosaics包 MosaicsPeak-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MosaicsPeak-class(mosaics)
MosaicsPeak-class()所属R语言包：mosaics

                                        Class "MosaicsPeak"
                                         类“MosaicsPeak”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class represents peak calling results.
这个类代表高峰的调用结果。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("MosaicsPeak", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("MosaicsPeak", ...)。


插槽----------Slots----------




peakList: Object of class "MosaicsPeakList", representing peak list.
peakList类"MosaicsPeakList"，较高峰列表的对象。




peakParam: Object of class "MosaicsPeakParam",
peakParam：Object类的"MosaicsPeakParam"，




bdBin: Object of class "numeric", a vector of bounded bins.
bdBin：Object类的"numeric"，矢量范围内的垃圾箱。




empFDR: Object of class "numeric", empirical FDR.
empFDR类"numeric"经验，FDR的对象。


方法----------Methods----------




export signature(object = "MosaicsPeak"): export peak list into text files.
出口signature(object = "MosaicsPeak")：出口到高峰列表的文本文件。




print signature(x = "MosaicsPeak"): return peak list in data frame format.
打印signature(x = "MosaicsPeak")：回报高峰在数据框格式列表。




show signature(object = "MosaicsPeak"): provide brief summary of the object.
显示signature(object = "MosaicsPeak")：提供简要的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Dongjun Chung, Pei Fen Kuan, Sunduz Keles



参考文献----------References----------

"A Statistical Framework for the Analysis of ChIP-Seq Data",  Journal of the American Statistical Association, Vol. 106, pp. 891-903.

参见----------See Also----------

mosaicsPeak, export.
mosaicsPeak，export。


举例----------Examples----------


showClass("MosaicsPeak")
## Not run: [＃无法运行：]
library(mosaicsExample)
data(exampleFit)
examplePeak <- mosaicsPeak( exampleFit, signalModel = "2S", FDR = 0.05 )

examplePeak
print(examplePeak)[1:10, ]
export( examplePeak, type = "txt", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.txt" )
export( examplePeak, type = "bed", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.bed" )
export( examplePeak, type = "gff", fileLoc = "./", fileName = "TSpeakList.gff" )

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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