R语言 MmPalateMiRNA包 MADvsMedianPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MADvsMedianPlot(MmPalateMiRNA)
MADvsMedianPlot()所属R语言包：MmPalateMiRNA

                                        Spread vs location of probe intensities
                                         探针强度的传播与位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots of the spread (median absolute deviation) versus the location (median) of probe intensity levels.
图的传播与探针的强度水平的位置（中位数）（平均绝对偏差）。


用法----------Usage----------



MADvsMedianPlot(x, ...)

## S4 method for signature 'list'
MADvsMedianPlot(
    x,
    channel=c("G", "R"),
    group=NULL,
    subset=NULL,
    ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
A list containing MAList and/or NChannelSet objects
含有MAList和/或NChannelSet对象的名单


参数：channel
The channel to use for calculating distances, one of either "G" (green or control channel) or "R" (red or experimental channel)
用于计算距离，要么的“G”（绿色或控制通道）或“R”（红色或实验通道）之一的通道


参数：group
An optional character string specifying the name of a factor to create separate panel displays, which must be in x$genes (for RGList objects)
一个可选的字符串，指定的名称来创建独立的显示器，必须在x$genes（RGList对象的一个因素）


参数：subset
An optional character vector specifying the which levels of group to use in creating separate panel displays
一个可选的特征向量，指定在创建单独的显示器group使用水平


参数：...
arguments to pass to densityplot
参数传递densityplot


方法----------Methods----------

The method for list objects is intended to work with lists of normalized data sets, as either  MAList or  NChannelSet objects.  This method will produce separate panel displays for each normalized data set, additionally color-coded by the group argument if supplied.
list对象是为了工作的规范化的数据集列表，要么MAList或NChannelSet对象，方法。这种方法会产生规范化的数据集为每个单独的显示器，另外，通过group参数如果提供的颜色编码。


参考文献----------References----------

C. Drescher, W. Huber, R. Gentleman, and M. Tewari. Quality assessment and data analysis for microRNA expression arrays. Nucleic Acids Res, 37(2):e17, 2009.

参见----------See Also----------

levelplot for pairwise distance plots between arrays,  densityplot for density plots of log2 intensity values, and MAplot for MA plots.
levelplot成对阵列之间的距离图，densityplot为log2强度值，密度图，MAplot主图。


举例----------Examples----------


data(PalateData)
reducedSet <- filterArray(PalateData, keep=c("MIR", "LET", "POSCON", "CALIB"),
                          frac=1.1, number=3, reps=4)
ndata.none <- normalizeWithinArrays(reducedSet, method="none")
ndata.median <- normalizeWithinArrays(reducedSet, method="median")
ndata.loess <- normalizeWithinArrays(reducedSet, method="loess")
ndata.quantile <- normalizeBetweenArrays(reducedSet, method="quantile")
ndata.all <- list(ndata.none, ndata.median, ndata.loess,
                  ndata.quantile)
res <- MADvsMedianPlot(ndata.all, channel="R", group="probe.type",                  
                 subset=c("MMU miRNAs", "Other miRNAs", "Control"))
print(res)


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