R语言 MmPalateMiRNA包 densityplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

densityplot(MmPalateMiRNA)
densityplot()所属R语言包：MmPalateMiRNA

                                        Density plots of log2 intensity values
                                         密度图的log2强度值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots the estimated density of log2 intensity values for two-color microarrays
图的log2强度值估计两色芯片密度


用法----------Usage----------



## S4 method for signature 'RGList,missing'
densityplot(
    x,
    channel=c("G", "R"),
    group=NULL,
    subset=NULL,
    ...)

## S4 method for signature 'list,missing'
densityplot(
    x,
    channel=c("G", "R"),
    group=NULL,
    subset=NULL,
    ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Either an RGList object, or a list containing MAList and/or NChannelSet objects
要么RGList对象，或列表，其中包含MAList和/或NChannelSet对象


参数：channel
The channel to use for calculating distances, one of either "G" (green or control channel) or "R" (red or experimental channel)
用于计算距离，要么的“G”（绿色或控制通道）或“R”（红色或实验通道）之一的通道


参数：group
An optional character string specifying the name of a factor to create separate panel displays, which must be in x$genes (for RGList objects)
一个可选的字符串，指定的名称来创建独立的显示器，必须在x$genes（RGList对象的一个因素）


参数：subset
An optional character vector specifying the which levels of group to use in creating separate panel displays
一个可选的特征向量，指定在创建单独的显示器group使用水平


参数：...
arguments to pass to densityplot
参数传递densityplot


方法----------Methods----------

For RGList objects, separate panel displays  can be produced for different types of probes, as determined by the group argument.  
为RGList对象，不同的显示器可以group参数确定，不同类型的探针产生的。

The method for list objects is intended to work with lists of normalized data sets, as either  MAList or  NChannelSet objects.  This method will produce separate panel displays for each normalized data set, additionally subsetted by the group argument if supplied. The useOuterStrips function in the latticeExtra package can be used for "outer" strip labels in the latter case.
list对象是为了工作的规范化的数据集列表，要么MAList或NChannelSet对象，方法。这种方法会产生单独的显示器加group参数子集，如果提供，每一个规范化的数据集。 useOuterStripslatticeExtra包的功能，可用于“外，在后一种情况下带标签。


参考文献----------References----------

C. Drescher, W. Huber, R. Gentleman, and M. Tewari. Quality assessment and data analysis for microRNA expression arrays. Nucleic Acids Res, 37(2):e17, 2009.

参见----------See Also----------

levelplot for pairwise distance plots between arrays,  MADvsMedianPlot for median absolute deviation versus median plots, and  MAplot for MA plots
levelplot成对阵列之间的距离图，MADvsMedianPlot比中位数的图，中位数绝对偏差和MAplot主图


举例----------Examples----------


data(PalateData)
res <- densityplot(PalateData, channel="G", group="probe.type",
                   subset = c("Other miRNAs",   "MMU miRNAs", "Control"),
                   col=rep(1:3, each=3), lty=rep(1:3, 3),
                   key = list(lines=list(col=rep(1:3, each=3), lty=rep(1:3, 3)),
                     columns=3))
print(res)

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