R语言 MLP包 plotGeneSetSignificance()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotGeneSetSignificance(MLP)
plotGeneSetSignificance()所属R语言包：MLP

                                        Plot the Significance for the Genes of a Given Gene Set...
                                         为一个给定的基因组的基因绘制的意义......

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot the Significance for the Genes of a Given Gene Set
为一个给定的基因组的基因绘制的意义


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：geneSet
object of class 'geneSetMLP' as produced by function getGeneSets
对象为由功能getGeneSets生产类的geneSetMLP“


参数：geneSetIdentifier
identifier of the gene set for which a significance plot should be produced; character of length one
应产生的基因组的意义图;长度为1的字符的标识符


参数：geneStatistic
named vector of gene statistics (e.g. p values); the names of the vector are Entrez Gene identifiers
向量的名称命名为向量的基因的统计（如p值）; Entrez基因标识


参数：annotationPackage
name of the annotation package to be used (without .db extension); character of length one
注释要使用包（不含db扩展名。）;长度为1的字符的名称


参数：barColors
named vector of colors to use for the bars of the barplot; the  names of the vector are Entrez Gene identifiers and the vector should be of length equal to the length of the geneStatistic vector  defaults to NULL in which case 'grey50' is used
命名颜色的向量使用barplot条形向量的名称是Entrez基因标识和向量的长度是相等的geneStatistic向量默认长度为null，在这种案“grey50是用来


值----------Value----------

no return value
没有返回值


举例----------Examples----------


pathExampleGeneSet <- system.file("exampleFiles", "exampleGeneSet.rda", package = "MLP")
pathExampleMLPResult <- system.file("exampleFiles", "exampleMLPResult.rda", package = "MLP")
load(pathExampleGeneSet)
load(pathExamplePValues)
load(pathExampleMLPResult)
annotationPackage <- if (require(mouse4302mmentrezg.db)) "mouse4302mmentrezg" else "mouse4302"
geneSetID <- rownames(exampleMLPResult)[1]
dev.new(width = 10, height = 10)
op <- par(mar = c(25, 10, 6, 2))
plotGeneSetSignificance(
geneSet = exampleGeneSet,
geneSetIdentifier = geneSetID,
geneStatistic = examplePValues,
annotationPackage = annotationPackage
)

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