R语言 MLP包 getGeneSets()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getGeneSets(MLP)
getGeneSets()所属R语言包：MLP

                                        Prepare Pathway Data for the MLP Function...
                                         准备为MLP功能的途径数据...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prepare Pathway Data for the MLP Function
准备为MLP功能的途径数据


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：species
character vector of length one indicating the species, one of 'Mouse', 'Human' or 'Rat'; defaults to 'Mouse'.
特征向量的长度指示的品种，“鼠标”，“人权”或“鼠”之一;默认为“鼠标”。


参数：geneSetSource
source to be used to construct the list of pathway categories;  for public data sources, the user can specify a string (one of 'GOBP', 'GOMF', 'GOCC', 'KEGG' or 'REACTOME') and BioC packages will be used to construct the list of pathway categories;  for non-public data sources, the user can pass the pathway data as a dataframe with (at least)  the following four columns: PATHWAYID, TAXID, PATHWAYNAME and GENEID. It is assumed all columns are of type character.
源被用来兴建的通路类别的列表;公共数据源，用户可以指定一个字符串之一GOBP，GOMF“，，GOCC”，“KEGG或REACTOME，BioC包会被用来构造的途径类别的列表;非公开的数据源，用户可以通过以下四个列（至少）作为一个dataframe的途径数据：PATHWAYID，TAXID，PATHWAYNAME和GENEID。这是假设所有列的字符类型。


参数：entrezIdentifiers
Entrez Gene identifiers used to subset the relevant gene set
Entrez基因标识用于有关的基因集的子集


Details

详情----------Details----------

The return value of the getGeneSets function has as primary use
的getGeneSets函数的返回值作为主要用途


值----------Value----------

object of class geneSetMLP which is essentially a named list of pathway categories.
的的类geneSetMLP这是本质的途径类别的命名名单的对象。


举例----------Examples----------


pathExampleData <- system.file("exampleFiles", "expressionSetGcrma.rda", package = "MLP")
pathExamplePValues <- system.file("exampleFiles", "examplePValues.rda", package = "MLP")
load(pathExampleData)
load(pathExamplePValues)
geneSet <- getGeneSets(species = "Mouse", geneSetSource = "GOBP", entrezIdentifiers = names(examplePValues)[1:2000])
head(geneSet)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。