R语言 minfi包 read.450k.exp()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.450k.exp(minfi)
read.450k.exp()所属R语言包：minfi

                                         Reads an entire 450k experiment using a sample sheet
                                         读取450K整个实验用样品表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads an entire 450k experiment using a sample sheet or (optionally) a target like data.frame.
读取450K整个实验使用样本表或数据框这样的目标（可选）。


用法----------Usage----------


read.450k.exp(base, targets = NULL, extended = FALSE,
    recursive = FALSE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：base
The base directory.
基本目录。


参数：targets
A targets data.frame, see details
一个目标data.frame，查看详细信息


参数：extended
Should the output of the function be a "RGChannelSetExtended" (default is "RGChannelSet").
如果函数的输出是一个"RGChannelSetExtended"（默认是"RGChannelSet"）。


参数：recursive
Should the search be recursive (see details)
如果搜索是递归的（见详情）


参数：verbose
Should the function be verbose?
如果函数是冗长的吗？


Details

详情----------Details----------

If the targets argument is NULL, the function finds all two-color IDAT files in the directory given by base.  If recursive is TRUE, the function searches base and all subdirectories.  A two-color IDAT files are pair of files with names ending in _Red.idat or _Grn.idat.
如果targets参数是NULL，功能发现两色所有base目录IDAT文件。如果recursive是TRUE，功能搜索base和所有子目录。两色IDAT文件是对文件与结束_Red.idat或_Grn.idat的名称。

If the targets argument is not NULL it is assumed it has a columned named Basename, and this is assumed to be pointing to the base name of a two color IDAT file, ie. a name that can be made into a real IDAT file by appending either _Red.idat or _Grn.idat.
如果targets参数是非NULL假设它有一个名为Basename圆柱，这个假设被指向两色IDAT文件，即基本名称。附加任何_Red.idat或_Grn.idat一个可以成为一个真正的IDAT文件的名称。


值----------Value----------

An object of class "RGChannelSet" or "RGChannelSetExtended".
一个对象类"RGChannelSet"或"RGChannelSetExtended"。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




参见----------See Also----------

read.450k for the workhorse function, read.450k.sheet for reading a sample sheet and RGChannelSet for the output class.
read.450k为主力功能，read.450k.sheet读取一个示例表和RGChannelSet输出类。


举例----------Examples----------


if(require(minfiData)) {

baseDir <- system.file("extdata", package = "minfiData")
RGset <- read.450k.exp(file.path(baseDir, "5723646052"))

}

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